Ngay khi báo chí đăng bài điều tra về việc Cục Đường thủy nội địa lập “quỹ đen” từ tiền các nhà thầu thực hiện các dự án do cục này làm chủ đầu tư trích lại, ngày 1/8/2018, Thanh tra Bộ GTVT đã lập tổ xác minh. Sau 1 tháng thực hiện, Tổ xác minh đã có kết luận về thông tin báo chí phản ánh.
Theo đó, kết luận dẫn lời khai của ông Phạm Văn Thông (nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa, thuộc Cục Đường thủy nội địa) rằng: Năm 2015 - 2016, đã thực hiện thu tiền phần trăm của 15 nhà thầu. Việc này thực hiện theo chỉ đạo miệng của ông Trần Đức Hải - Phó Cục trưởng Đường thủy nội địa. Tuy nhiên, Tổ xác minh cho rằng, chỉ đạo miệng ông Hải là lời khai 1 phía từ ông Thông, chưa kiểm chứng được nên chưa đủ căn cứ pháp lý.
Cùng đó, trong 15 nhà thầu ông Thông khai đã nhận tiền trích lại từ gói thầu với mức từ 6%, 10%, 15% đến 20% trị giá gói thầu, với tổng số tiền 4,8 tỷ đồng. Tuy nhiên, 14/15 nhà thầu không thừa nhận (1 nhà thầu đã thay đổi lãnh đạo) bàn bạc trích phần trăm, không nộp tiền cho ông Thông, hay nhận chỉ đạo từ Cục Đường thủy. Qua hồ sơ, tài liệu, Tổ xác minh xác định có 10/15 nhà thầu không ký tên nộp tiền cho ông Thông, 5 nhà thầu ký tên nộp tổng cộng hơn 1,5 tỷ đồng. Ngoài ra, ông Nguyễn Long, Trưởng phòng Tài chính nhận 100 triệu đồng, nhưng ông Long không ký tên và không thừa nhận việc nhận tiền.
Về chi số tiền trên, ông Thông chi cho các hoạt động hội nghị, hội thao, chi tiền ăn cho cán bộ, công chức và người lao động... số tiền hơn 400 triệu đồng (9 cá nhân liên quan duyệt, nhận và chi tiền lấy từ ông Thông). Số tiền còn lại (hơn 4,3 tỷ đồng trong tổng số tiền ông Thông khai nhận từ các nhà thầu) chi không có chứng cứ, nên ông Thông phải chịu trách nhiệm.
Căn cứ hồ sơ, tài liệu chứng cứ, Tổ xác minh nhận xét: Hành vi thu tiền của các nhà thầu và chi của các cá nhân tại Cục Đường thủy nội địa là vi phạm pháp luật, tính chất mức độ là nghiêm trọng. Do đó, Tổ xác minh của Thanh tra Bộ GTVT kiến nghị lãnh đạo Bộ GTVT: Nhanh chóng tổ chức kiểm điểm nghiêm khắc trách nhiệm của các cán bộ thuộc diện Bộ trưởng bổ nhiệm đang công tác tại Cục Đường thủy nội địa (gồm: Ông Hoàng Hồng Giang-Cục trưởng; ông Trần Đức Hải-Phó Cục trưởng; ông Trần Văn Thọ-nguyên Phó Cục trưởng). Đối với Cục Đường thủy nội địa, căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ và theo phân cấp, khẩn trương tổ chức kiểm điểm nghiêm khắc trách nhiệm của các cá nhân liên quan; Nộp hơn 400 triệu đồng do sai phạm chuyển vào ngân sách nhà nước; Thu hồi số tiền hơn 4,3 tỷ đồng ông Thông khai nhận từ nhà thầu nộp vào ngân sách nhà nước; Chuyển hồ sơ vụ việc sang Cơ quan điều tra (Bộ Công an)...; Yêu cầu các cơ quan, đơn vị nêu trên khẩn trương triển khai thực hiện ngay khi nhận được kết luận, kết quả thực hiện gửi về Bộ GTVT trước ngày 10/9/2018.
Theo tin từ Bộ GTVT, hiện các cá nhân nhận từ ông Thông và chi số tiền hơn 400 triệu đồng kể trên đã nộp lại đầy đủ số tiền. Ông Phạm Văn Thông, hiện đã nghỉ việc, không thuộc biên chế Bộ GTVT nữa nhưng đã tự khắc phục nộp lại đầy đủ số tiền trên. Các kiến nghị trong kết luận, Bộ GTVT cũng đã và đang được thực hiện.
Tổ xác minh của Thanh tra Bộ GTVT kiến nghị lãnh đạo Bộ GTVT: Nhanh chóng tổ chức kiểm điểm nghiêm khắc trách nhiệm của các cán bộ thuộc diện Bộ trưởng bổ nhiệm đang công tác tại Cục Đường thủy nội địa (gồm: Ông Hoàng Hồng Giang-Cục trưởng; ông Trần Đức Hải-Phó Cục trưởng; ông Trần Văn Thọ-nguyên Phó Cục trưởng).