Trước đó, một số tờ báo đăng loạt bài điều tra về việc Cục Đường thủy nội địa lập quỹ từ số tiền các doanh nghiệp trúng thầu dự án do cục làm chủ đầu tư trích lại từ 6%-20%, trong thời gian năm 2015-2016.
Theo một nguồn tin khác, qua xác minh, Thanh tra Bộ GTVT ghi nhận, một số cán bộ thuộc cục thừa nhận nhận tiền từ nhà thầu (như ông Phạm Văn Thông nhận hơn 4 tỷ đồng). Tuy nhiên, các nhà thầu không thừa nhận có việc đưa tiền, lãnh đạo Cục Đường thủy nội địa cũng không thừa nhận chỉ đạo các cán bộ cấp dưới thu tiền trích lại của các nhà thầu. Do đó, chưa đủ cơ sở để kết luận các nội dung này.
Dù vậy, trên các cơ sở nội dung xác minh được, có việc các cá nhân nhận tiền từ ông Thông chi cho tổ chức hội nghị, liên hoan... sai quy định. Từ đó, tổ xác minh đề nghị xem xét trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức liên quan, trong đó có các lãnh đạo Cục Đường thủy nội địa. Đồng thời kết luận yêu cầu các cá nhân chi sai nộp lại ngân sách số tiền đã chi.
Được biết, tới nay những cá nhân liên quan đều đã nộp lại đầy đủ số tiền kết luận của đoàn xác minh kiến nghị (hơn 400 triệu đồng). Về trách nhiệm của lãnh đạo Cục Đường thủy nội địa, được biết, sắp tới đơn vị này sẽ họp để làm rõ và báo cáo lãnh đạo Bộ GTVT theo thời hạn mà tổ xác minh đưa ra (báo cáo trước ngày 10/9/2018).
Tuy nhiên, theo lãnh đạo Bộ GTVT, đây không phải kết luận thanh tra, do việc xác minh thực hiện theo phản ánh của dư luận. Kết quả xác minh này sau đó sẽ được báo cáo lãnh đạo bộ.