Tại kết luận thanh tra toàn diện việc chấp hành các quy định của pháp luật về công tác quản lý, sử dụng đất đai, tài sản công tại Khu Liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình, Hà Nội (Khu LHTTQG) giai đoạn 2009 -2018, Thanh tra Chính phủ cho thấy, việc tính, trích hao mòn khấu hao tài sản công tại đơn vị này có vấn đề.
Cụ thể, theo thanh tra, việc phân bổ chi phí khấu hao tài sản cố định tham gia hoạt động sản xuất kinh doanh trên Phương án tính, trích khấu hao tài sản cố định dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh hằng năm của Khu LHTTQG không đúng thực tế, dẫn đến trích sai tăng quỹ Phát triển HĐSN và tăng chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế TNDN, thuế TNDN tăng thêm phải truy thu nộp ngân sách Nhà nước là gần 3,3 tỷ đồng.
Ngoài ra, Khu LHTTQG không trích quỹ PTHĐSN số tiền hơn 48,8 tỷ đồng mà sử dụng để chi thu nhập tăng thêm, trích lập quỹ khen thưởng, quỹ phúc lợi, quỹ ổn định thu nhập không đúng quy định.
Mặt khác, từ năm 2011 - 2018, Khu LHTTQG thực hiện nhiều nội dung chi tiền mặt từ quỹ Phúc lợi nhưng không có trong Quy chế chi tiêu nội bộ và các quy định hiện hành với tổng số tiền 2.920 triệu đồng.
Đáng chú ý, quá trình thanh tra phát hiện Công đoàn Tổng cục TDTT, Công đoàn Văn phòng Bộ VHTTDL nhận hỗ trợ tiền Tết 700 triệu đồng từ quỹ Phúc lợi của Khu LHTTQG không phù hợp với quyền, trách nhiệm của tổ chức công đoàn.
Đặc biệt, Văn phòng Bộ VHTTDL nhận hỗ trợ tiền Tết từ quỹ Phúc lợi của Khu LHTTQG với tổng số tiền 2 tỷ đồng chưa đúng đối tượng của quỹ Phúc lợi.
Theo đó, TTCP kiến nghị Thủ tướng yêu cầu Văn phòng Bộ Văn hóa - thể thao và du lịch, Công đoàn Bộ và Công đoàn Tổng cục Thể dục thể thao chấm dứt việc nhận hỗ trợ tết của các đơn vị sự nghiệp trực thuộc không đúng quy định.
TTCP xác định, từ tháng 5/2014 - 2018, Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch là cơ quan chủ quản, vừa là cơ quan quyết định việc cho thuê tài sản nhà nước, tài sản công nhưng lại có hạn chế, thiếu sót, khuyết điểm trong công tác quản lý Khu LHTTQG.
Trong đó, Bộ này đã ban hành một số văn bản thể hiện sự ủng hộ, chấp thuận chủ trương cho Khu LHTTQG khai thác quỹ đất nhưng trong văn bản không chỉ đạo, không yêu cầu Khu LHTTQG thực hiện nghĩa vụ nộp tiền thuê đất, nghĩa vụ khi sử dụng đất đối với việc khai thác quỹ đất.
Ở giai đoạn từ 2009 đến tháng 5/2014, Tổng cục TDTT là cơ quan chủ quan của Khu LHTTQG cũng có dấu hiệu buông lỏng quản lý.