Tại giải vô địch bóng đá Đông Nam Á (AFF Cup, tiền thân là Tiger Cup), đội tuyển Việt Nam và Malaysia đã có 11 lần chạm với nhau. Trong đó, các cầu thủ Việt giành được 6 chiến thắng, hòa 2 và thua 3. Thế nhưng, 2 trong 3 lần thất bại đó lại đến từ các trận bán kết vào các năm 2010 và 2014.
1998 -Vòng bảng (Việt Nam 1-0 Malaysia)
Trong trận đấu cuối cùng tại bảng B, Nguyễn Hồng Sơn đã ghi bàn thắng duy nhất của trận đấu. Qua đó, giúp đội tuyển Việt Nam đánh bại Malaysia với tỷ số 1-0 để giành vị trí nhì bảng.
2000 - Vòng bảng (Việt Nam 0-0 Malaysia)
Đây là trận hòa đầu tiên của 2 đội tại AFF Cup và ở cuộc chạm trán này, cả Việt Nam lẫn Malaysia đều có cơ hội, nhưng không đội bóng nào có được bàn thắng. Tuy nhiên, kết thúc vòng bảng, cả 2 đều giành vé đi tiếp và đội bóng áo đỏ xếp nhất bảng do hơn hiệu số bàn thắng bại.
2014 - Bán kết (Malaysia 5-4 Việt Nam) Dù lượt đi đã giành chiến thắng 2-1, nhưng đội tuyển Việt Nam lại để thua 2-4 ở trận lượt về. Qua đó, một lần nữa “ngậm đắng” trước Malaysia ở bán kết AFF Cup. 2016 - Vòng bảng (Malaysia 0-1 Việt Nam) Lần đầu tiên kể từ năm 2008, đội tuyển Việt Nam lại chung bảng với Malaysia ở AFF Cup và vẫn như mọi khi, đội bóng áo đỏ luôn thi đấu tốt ở vòng đấu này và giành chiến thắng 1-0 trước đối thủ nhờ bàn thắng của Trọng Hoàng. 2018 - Vòng bảng (Việt Nam 2-0 Malaysia) Dù không kiểm soát bóng tốt, nhưng đội tuyển Việt Nam vẫn có thể tạo ra được nhiều cơ hội hơn. Do đó, họ đã đánh bại được Malaysia với tỷ số 2-0 nhờ pha lập công của Công Phượng cùng Anh Đức.