Vấn đề được Kiểm toán Nhà nước chỉ ra liên quan đến lô đất 8.476 m2 tại Khu đô thị mới cầu Giấy (Mễ Trì, Nam Từ Liêm, TP. Hà Nội). Đây là lô đất được UBND TP.Hà Nội giao cho tổng công ty (Quyết định 5386/QĐ-UBND ngày 1/11/2010) để thực hiện dự án đầu tư Trung tâm điều hành và giao dịch Vicem với thời hạn 50 năm kể từ ngày 1/11/2010.
Liên quan đến khu đất này, Vicem đã có công văn gửi Bộ Xây dựng đề nghị thay đổi phương án sắp xếp, xử lý nhà đất lô đất trên thành “chuyển nhượng toàn bộ dự án”. Bộ Xây dựng đã đồng ý về chủ trương sau khi có ý kiến đồng thuận của Văn phòng Chính phủ và các bộ ngành liên quan.
KTNN cho rằng, chi phí đầu tư thực hiện đến thời điểm kết thúc kiểm toán tại đơn vị là 770,63 tỷ đồng (tháng 5/2019). Hiện Tổng công ty vẫn chưa hoàn thành việc rà soát, cập nhật phương án xử lý nhà đất theo hình thức “bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất” vào phương án sắp xếp, xử lý nhà đất trình cấp có thẩm quyền xem xét, phê duyệt.
Còn lô đất 166.527 m2 tại Khu công nghiệp Đông Hồi, xã Quỳnh Lập (huyện Quỳnh Lưu, tỉnh Nghệ An) được giao cho Vicem để xây dựng Nhà máy kết cấu bê tông vật liệu xây dựng không nung Đông Hồi với thời hạn thuê đến ngày 22/7/2060. Bộ Xây dựng đã quyết định giữ lại để xây dựng nhà máy nhưng mới đây, Vicem lại kiến nghị “chuyển nhượng quyền sử dụng đât gắn liền với chuyển nhượng dự án”. Chi phí đầu tư đã thực hiện theo phương án ban đầu là 45,87 tỷ đồng.
Ngoài ra, lô đất 52.083 m2 tại ngõ 122 Vĩnh Tuy (Hai Bà Trưng, Hà Nội) gồm 4 khu được Vicem quản lý sử dụng từ năm 1959 (Trong đó Khu 1 với diện tích 15.091 m2 là phần kho tàng, bến bãi; Khu 2 diện tích 17.381 m2 đã được UBND thành phố Hà Nội cho tổng công ty và các đơn vị trực thuộc thuê; Khu 3 có diện tích 5.893 m2 làm trụ sở và nhà để xe; khu 4 với diện tích 10.982 m2 đã được UBND thành phố Hà Nội cho Tổng công ty và các đơn vị trực thuộc thuê).
Ngày 4/7/2012, Tổng công ty có Quyết định về việc phê duyệt dự án đầu tư xây dựng công trình Khu tổng hợp 122 Vĩnh Tuy với mục tiêu đầu tư khu nghiên cứu và phát triển, khu tổng hợp bao gồm văn phòng làm việc tư vấn, cơ sở nghiên cứu, đào tạo, thí nghiệm và thực nghiệm kết họp với việc kinh doanh cho thuê vãn phòng, thương mại và khu lưu trú.
Tuy nhiên, năm 2018, Vicem cũng có văn bản gửi Bộ Xây dựng báo cáo tình hình thực hiện đầu tư dự án gặp nhiều khó khăn không đủ nguồn vốn để thực hiện đầu tư, dự án.
Đến ngày 17/01/2019, Vicem tiếp tục có văn bản gửi Bộ Xây dựng đề nghị cho phép được tiếp tục quản lý, sử dụng khu đất ngõ 122 Vĩnh Tuy để đáp ứng hoạt động sản xuất kinh doanh của Vicem như hiện trạng (sau khi cổ phần hóa sẽ báo cáo việc sử dụng đất theo yêu cầu sản xuất kinh doanh, chiến lược phát hiển, tái cấu trúc Vicem theo quy hoạch của Thành phố Hà Nội và đã được Bộ Xây dựng thống nhất gửi Bộ Tài chính). Tuy nhiên, đến thời điểm hiện tại, Bộ Tài chính vẫn chưa có ý kiến phản hồi.
