Nội dung vụ kiện cho thấy, năm 2013, ông Quế bị tố cáo "đạo văn" luận án năm 2002 của tiến sĩ Mai Thanh Quế nên Thanh tra Bộ GD&ĐT tiến hành xác minh. Kết luận quả cho thấy, ông Xuân Quế đã sao chép khoảng 30% luận án của ông Thanh Quế.
Ngược lại, ông Xuân Quế giải trình, luận án tiến sĩ được thanh tra mang tên mình lưu giữ tại Thư viện Quốc gia không phải là bản đưa ra bảo vệ chính thức tại Hội đồng chấm luận án tiến sĩ cấp Nhà nước vào năm 2003 vì không có chữ ký của ông tại phần lời cam đoan. Ông cho rằng bản luận án của mình đã bị đánh tráo hoặc nhầm bản khác do ông nhờ người cháu đi nộp hộ.
Trước ý kiến này, Thanh tra của Bộ cho rằng, theo quy định, nghiên cứu sinh phải nộp bản chính tại thư viện Quốc gia, lấy biên nhận gửi Bộ để làm thủ tục cấp bằng tiến sĩ. Cả 3 chương trong cuốn luận án tiến sĩ của ông Xuân Quế có nhiều câu, nhiều đoạn, nhiều trang sao chép y nguyên của tiến sĩ Thanh Quế đặc biệt là tại chương 3; nếu bỏ đi phần sao chép này, luận án không đủ chất lượng để ông Xuân Quế có bằng tiến sĩ.
Ngày 17/7/2013, Hội đồng xác minh luận án tiến sĩ được thành lập và tất cả các thành viên đều khẳng định luận án của ông Xuân Quế có sao chép một phần từ luận án của ông Thanh Quế nên đề nghị thu hồi. Ngày 11/10/2013, Bộ trưởng GD&ĐT thời điểm đó là ông Phạm Vũ Luận ra quyết định thu hồi bằng tiến sĩ của ông Xuân Quế. Lập tức, ông Xuân Quế khởi kiện, cho rằng quyết định này trái pháp luật.
Sau hàng chục lần hầu tòa, HĐXX của TAND TP Hà Nội không kết luận ông Xuân Quế có “đạo” luận án hay không nhưng cho rằng việc Bộ GD&ĐT ban hành quyết định thu hồi bằng tiến sĩ của ông là trái quy định. Vì vậy, chủ tọa tuyên bố chấp nhận một phần yêu cầu của người khởi kiện, hủy quyết địnhthu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế đồng thời kiến nghị khôi phục học hàm, học vị cho nguyên đơn.
Sau phiên tòa sơ thẩm, luật sư Đinh Anh Tuấn - người đại diện theo ủy quyền của Bộ GD&ĐT cho biết, nội dung của bản án sơ thẩm vừa được tòa án tuyên đã nằm trong dự liệu của Bộ và với kết quả này, chắc chắn Bộ sẽ kháng cáo.
"Cốt lõi của sự việc rất đơn giản, ông Hoàng Xuân Quế có hành vi vi phạm sao chép luận án và căn cứ theo các văn bản quy phạm pháp luật, việc Bộ trưởng thu hồi bằng là có căn cứ. Đối với bản án, HĐXX đã đi vào các tiểu tiết trong việc giải quyết tố cáo của công dân chứ không đi vào các vấn đề cốt lõi, tuy nhiên, chúng tôi tôn trọng bản án được tuyên và chắc chắn Bộ sẽ có kháng cáo" - luật sư Tuấn nêu rõ.
Ông Tuấn đánh giá thêm: “Bản chất vụ án có hay không có hành vi sao chép… Bản án sơ thẩm đã không đề cập tới những vấn đề cốt lõi, bản chất của sự việc mà chỉ đi vào các vấn đề tiểu tiết trong việc giải quyết tố cáo, khiếu nại của công dân. Những tiểu tiết này, phía Bộ GD&ĐT sẽ làm rõ từng điểm trong đơn kháng cáo”.
