Trong một diễn biến liên quan, Ban QLDA 6 (đơn vị trực tiếp quản lý dự án) đang phải thực hiện các kết luận của Kiểm toán Nhà nước về những sai sót tại dự án này. Trong đó, Kiểm toán Nhà nước chỉ ra nhiều vấn đề liên quan đến quá trình thiết kế, lập dự án như: Chưa thực hiện đầy đủ theo quy trình khảo sát đường, không điều tra thu thập mực nước lũ hàng năm (một số tuyến đường tại Hưng Yên); không xác định vị trí, trữ lượng của mỏ vật liệu dẫn đến việc phải bổ sung dự toán (tại tỉnh Thừa Thiên- Huế).
Tại Hưng Yên, nhà thầu tư vấn lập dự án thậm chí còn thực hiện khảo sát hiện trường trước khi có quyết định phê duyệt kết quả chỉ định thầu và hợp đồng được ký kết.
Hiện tại, chưa xác định liệu Louis Berger có liên quan trực tiếp đến những sai sót nêu trên hay không. Tuy nhiên, các thông tin được công bố cho biết, Louis Berger đóng vai trò tư vấn cố vấn tại dự án này. Tổng giá trị hợp đồng mà công ty này ký với Ban quản lý dự án 6 là 3,705 triệu USD (tương đương 53,5 tỷ đồng) trong thời gian 2008 - 2012.
Dự án Giao thông nông thôn 3 được thực hiện từ tháng 9/2007 và kết thúc vào tháng 6/2014 có mức đầu tư là 257,224 triệu USD. Trong đó, vốn vay ODA của Ngân hàng Thế giới là 203,25 triệu USD và vốn viện trợ không hoàn lại của Vương quốc Anh (DFID) là 53,97 triệu USD.
