Chỉ thị quan trọng này nhằm triển khai đồng bộ các giải pháp cơ cấu lại hệ thống các tổ chức tín dụng gắn với xử lý nợ xấu tại Đề án 1058, lành mạnh hóa tình hình tài chính, nâng cao năng lực quản trị của các tổ chức tín dụng theo quy định của pháp luật, phù hợp với thông lệ quốc tế; phấn đấu đến năm 2020, các ngân hàng thương mại cơ bản có mức vốn tự có theo chuẩn mực của Basel II; có ít nhất từ 01 đến 02 ngân hàng thương mại nằm trong tốp 100 ngân hàng lớn nhất trong khu vực Châu Á.
Chỉ thị còn nhằm mục tiêu triển khai thực hiện có hiệu quả Nghị quyết 42/2017/QH14 để xử lý nhanh, dứt điểm nợ xấu và tài sản bảo đảm của các khoản nợ xấu thuộc phạm vi điều chỉnh của Nghị quyết. Phấn đấu đến năm 2020 đưa tỷ lệ nợ xấu nội bảng của hệ thống các tổ chức tín dụng, nợ xấu đã bán cho VAMC và nợ xấu đã thực hiện các biện pháp phân loại nợ xuống dưới 3% (không bao gồm nợ xấu của các ngân hàng thương mại yếu kém được Chính phủ phê duyệt xử lý theo phương án riêng).