Đang là Chủ tịch HĐQT Cty CP xây dựng 8 Thăng Long (Tổng Cty Thăng Long) có trụ sở ở Hà Nội, tháng 6/10/2013, ông Nguyễn Tiến Khoa xin về công tác tại Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ và 4 ngày sau ông được nhận vào làm việc tại đây. Quyết định do Chánh Văn phòng Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ Nguyễn Thanh Hải ký tiếp nhận với công việc là chuyên viên Phòng Nghiên cứu – Tổng hợp thuộc Văn phòng.
Đến tháng 11/2014, ông Khoa được bổ nhiệm giữ chức Phó trưởng phòng Nghiên cứu - Tổng hợp, quyết định cũng do Chánh Văn phòng Nguyễn Thanh Hải ký, có hiệu lực kể từ ngày 1/12/2014. Tiếp đến ngày 26/1/2015, ông Khoa được phân công giữ chức Phó giám đốc Nhà khách Tây Nam bộ. Hơn một tháng sau, ngày 9/3/2015, ông Khoa nhận chức Giám đốc Nhà khách Tây Nam bộ. Ba tháng tiếp sau đó, ngày 5/6/2015, ông Khoa được bổ nhiệm giữ chức Phó vụ trưởng Vụ kinh tế của Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ. Quyết định bổ nhiệm do ông Nguyễn Quốc Việt-Phó trưởng Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ ký.
Ông Khoa công tác ở đây đến tháng 6/2016, rồi làm đơn xin chuyển công tác về Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam và đến tháng 8 thì chính thức làm việc tại Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam.
Kể từ khi được tuyển dụng đến làm Vụ phó Vụ Kinh tế ở Ban Chỉ đạo Tây Nam bộ, ông Khoa chỉ mất 20 tháng, hơn ông Vũ Minh Hoàng đúng 4 tháng (8/2014 đến 1/2016).
