Trong thời gian giữ chức vụ Giám đốc Trung tâm Quan trắc TNMT, bà Thi đã vi phạm trong phối hợp tổ chức hội thảo, hướng dẫn kinh nghiệm nuôi tôm ứng dụng chế phẩm sinh học ST Basilli. Ngoài ra, bà Thi được cho là ký biên bản thỏa thuận cung ứng sản phẩm này cho mô hình nuôi tôm thẻ chân trắng với người nuôi tôm.
Việc này không đúng với chức năng, nhiệm vụ được giao. Bên cạnh đó, bà Thi còn cung cấp chế phẩm sinh học cho người nuôi tôm khi sản phẩm ST Basilli 1 và ST Basilli 2 không có danh mục được phép lưu hành tại Việt Nam hoặc chưa được cơ quan có thẩm quyền cho phép. Điều này vi phạm quy định của Ban Chấp hành Trung ương về những điều đảng viên không được làm.
Hai chế phẩm sinh học - vi sinh vật xử lý hầm cầu vệ sinh (dạng bột và dạng lỏng) với nhãn hiệu ST Basilli 1 và ST Basilli 2 là đề tài nghiên cứu khoa học thạc sĩ của bà Mai Thi vào năm 2013. Hai sản phẩm này được Công ty Cổ phần chứng nhận và giám định Vinacert chứng nhận phù hợp các yêu cầu tiêu chuẩn kỹ thuật Việt Nam.
Theo quy định, muốn được lưu hành thì chế phẩm sinh học của Trung tâm Quan trắc TNMT Sóc Trăng phải được khảo nghiệm dưới sự giám sát của Tổng cục Môi trường. Đơn vị phải nộp hồ sơ về Tổng cục để xem xét đánh giá cấp phép lưu hành. Tuy nhiên, trung tâm của bà Mai Thi đã không thực hiện như vậy mà bán sản phẩm ra ngoài thị trường là sai quy định.
Tháng 7/2017, Vinacert đã đình chỉ hiệu lực các chứng nhận mà đơn vị này cấp cho sản phẩm ST Basilli 1 và ST Basilli 2. Từ đó, những cán bộ trong ngành TNMT Sóc Trăng gọi việc làm của bà Mai Thi là “lừa đảo khoa học” nên bị kỷ luật.
