Theo kiểm toán nhà nước, SCIC đã góp vốn vào dự án của CTP Đầu tư và Dịch vụ Thăng Long hơn 110 tỷ đồng từ năm 2008 để triển khai dự án xây dựng tại khu đất số 6 Thăng Long, phường 4, quận Tân Bình, TP HCM, song đến nay dự án vẫn chưa triển khai.
Cùng với đó, SCIC cũng góp 199 tỷ đồng từ năm 2007, để hợp tác với Bảo Việt Nhân Thọ thực hiện dự án Tháp Tài chính trên khu đất trên đường Trần Duy Hưng, quận Cầu Giấy, Hà Nội, nhưng đến nay, dự án vẫn chưa được triển khai.
Ngoài ra, SCIC còn góp vốn vào Dự án của Công ty CP Tháp truyền hình với số tiền 49,5 tỷ đồng từ năm 2015. Dù các bên đã trình báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án lên Chính phủ từ tháng 4/2016 nhưng chưa được xem xét, phê duyệt. Đến năm 2017, SCIC được Thủ tướng chấp thuận chủ trương thoái vốn khỏi dự án.
Không chỉ vậy, kiểm toán cũng chỉ ra một số tồn tại của SCIC liên quan đến tình hình góp vốn tại dự án đầu tư của CTCP Đầu tư và Dịch vụ Thăng Long. Cụ thể, khu đất tại số 6 Thăng Long, phường 4, quận Tân Bình, TPHCM có diện tích 5.055m2 được giao cho SCIC với mục đích làm cơ sở sản xuất kinh doanh, thời hạn 50 năm. Tổng số tiền SCIC đã nộp là 110,3 tỷ đồng và SCIC đã được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Năm 2009, SCIC đã ký biên bản thoả thuận góp vốn với 3 đối tác là Công ty CP Đầu tư Á Châu (ACI), Ngân hàng TMCP Á Châu (ACB) và CTCP Hàng không Jetstar Pacific Airline (JPA) để thành lập CTCP Đầu tư và Dịch vụ Thăng Long với mục đích đầu tư, xây dựng, quản lý và khai thác dự áo cao ốc tại số 6 Thăng Long với vốn điều lệ 170 tỷ đồng. Trong đó SCIC góp 48% vốn điều lệ bằng một phần quyền sử dụng đất, ACI và ACB góp 47% bằng tiền, JPA góp 5% bằng tiền.
Ngày 22/5/2018, Hội đồng thành viên SCIC ban hành nghị quyết, thống nhất tạm dừng thực hiện góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất vào Công ty Thăng Long, đàm phán với các cổ đông khác về giá trị vốn góp của SCIC bằng quyền sử dụng đất.
Đến nay, 47% vốn góp của ACB và ACI đã chuyển nhượng cho các tổ chức, cá nhân khác. Việc chuyển nhượng này sẽ gây khó khăn cho SCIC trong việc đàm phán với các cổ đông trong CTCP về giá trị vốn góp của SCIC bằng quyền sử dụng đất tại CTCP nhằm đảm bảo lợi ích của SCI theo quy định của pháp luật.
Kiểm toán Nhà nước đề nghị SCIC xem xét, kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với cá nhân, tập thể liên quan đến việc đầu tư vào một số dự án bất động sản không hiệu quả, gây ứ đọng vốn nhà nước trong thời gian dài tại Công ty cổ phần đầu tư và dịch vụ Thăng Long.
