So với các trường ngoài công lập, học phí thấp là một lợi thế của các trường ĐH công lập. Đối với các trường ĐH công lập chưa tự chủ, năm học này, học phí được giữ nguyên theo Nghị định 86 của Chính phủ. Học phí của Trường ĐH Công đoàn năm học này dao động từ 9,8-11,7 triệu đồng/năm/sinh viên; học phí Trường ĐH Y Hà Nội là 14,3 triệu đồng/năm/sinh viên.
Trong khi đó, cũng đào tạo khối ngành Khoa học xã hội, nhưng từ năm học sau 2022-2023, Trường ĐH Khoa học xã hội và Nhân văn, ĐH Quốc gia TPHCM sẽ thực hiện cơ chế tự chủ nên học phí sẽ là 16-20 triệu đồng/năm (bậc ĐH chương trình chuẩn), 21-24 triệu đồng/năm (nhóm ngành Du lịch và Ngôn ngữ). Cũng đào tạo Y dược, nhưng do được tự chủ nên mức học phí của Trường ĐH Y Dược TPHCM cao hơn, từ 38-70 triệu đồng/năm. Năm 2020, sinh viên có hộ khẩu tại TPHCM được hưởng chế độ ưu tiên khi học tại Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch, chỉ phải đóng mức học phí 14,3 triệu đồng (so với mức học phí 28,6 triệu đồng của thí sinh ở các địa phương khác). Tuy nhiên, từ năm học 2021-2022 không còn cơ chế này vì trường tự chủ. Theo đó, mức học phí không phân chia theo khu vực mà sẽ “đồng giá” và tăng lên, với mức cao nhất không vượt quá 32 triệu đồng cho các ngành Y khoa, Dược học, Răng-Hàm-Mặt và không quá 28 triệu đồng cho các ngành Điều dưỡng, Dinh dưỡng, Kỹ thuật xét nghiệm y học, Kỹ thuật hình ảnh y học, Khúc xạ nhãn khoa, Y tế công cộng.
Trong khi đó, ở cùng nhóm ngành Y dược, một số trường ngoài công lập có mức học phí tương đương trường ĐH công lập sau khi tự chủ. Học phí khối ngành này củaTrường ĐH Duy Tân từ 33-64 triệu đồng/năm, Trường ĐH Võ Trường Toản từ 42,5-61,5 triệu đồng/năm.
Nhiều ý kiến cho rằng, để tính học phí, cần dựa vào chi phí đào tạo một sinh viên, nhưng hiện không có cơ quan nào hướng dẫn các cơ sở giáo dục ĐH về cách tính. Bộ GD&ĐT có hướng dẫn các trường về định mức kinh tế-kỹ thuật nhưng từ năm 2014 nên rất khó để áp dụng trong tình hình thực tiễn hiện nay.
Trường ĐH Kinh tế Quốc dân (một trong 23 trường được tự chủ sớm) có mức học phí chương trình chuẩn từ 15-20 triệu đồng/năm. Học phí các chương trình đặc thù từ 40-60 triệu đồng/năm. ĐH Bách khoa Hà Nội đã được tự chủ nên học phí các chương trình chuẩn từ 22-28 triệu đồng/năm…
Theo PGS.TS Trần Văn Tớp, nguyên Hiệu phó ĐH Bách khoa Hà Nội, các trường ĐH công lập khi tự chủ có lợi thế hơn các trường ngoài công lập vì đã có bề dày lịch sử, có cơ sở vật chất được Nhà nước đầu tư trước đó. Tuy nhiên, ông Tớp tin rằng, khi tính toán học phí, các trường mới chỉ tính đến chi phí đào tạo, chưa tính đến chi phí khấu hao vì nếu học phí tăng cao đột ngột, sẽ khó tuyển sinh đảm bảo được chất lượng đầu vào. Các trường tự chủ sẽ phải cân đối giữa bài toán có người học và học phí. “Ở góc độ nào đó, các trường công tự chủ hiện nay vẫn đang có lợi thế. Nhưng không thể tăng kịch trần như các trường ngoài công lập; tăng có lộ trình, người học có thể chi trả được”, ông Tớp nói.
TS Lê Trường Tùng, Chủ tịch Hội đồng Trường ĐH FPT, nói rằng, có 3 chủ thể cần quan tâm khi các trường ĐH thực hiện tự chủ; đó là cơ quan quản lý nhà nước, các trường và người học. Nếu cơ quan quản lý và nhà trường thực hiện không tốt, dễ dẫn đến việc người học hiểu tự chủ có nghĩa là phải đóng học phí nhiều hơn mà không nhìn thấy những lợi ích của tự chủ mang lại. “Trách nhiệm giải trình quan trọng nhất, chính là giải trình cho người học, các đối tượng thụ hưởng, sẽ có những thay đổi khi triển khai tự chủ;những thay đổi này mang lại lợi ích gì cho họ. Có thể người học sẽ phải đóng học phí nhiều hơn, nhưng quan trọng nhất là lợi ích sẽ nhiều hơn so với phần phải đóng. Thời gian vừa qua, các trường chưa làm được việc này, mới chỉ xoay quanh những chuyện tự chủ, tức là đảm bảo tự chi thường xuyên, đảm bảo tự đầu tư…, không nhìn thấy người học đứng ở đâu”, ông Tùng nói.