Sau khi chính thức được tuyên vô tội ngày 28/11/2015, ông Nén làm đơn yêu cầu bồi thường (YCBT) án oan. Cha ông Nén là cụ Huỳnh Văn Truyện và ông Nguyễn Thận được ông Nén ủy quyền thương lượng giải quyết YCBT, có một số luật sư (LS) trợ giúp pháp lý.
Sau buổi thương lượng bồi thường (TLBT) thứ ba giữa bên YCBT với đại diện TAND tỉnh Bình Thuận, cơ quan có trách nhiệm bồi thường (trong bài viết tắt là Tòa), bên YCBT đã rút tổng mức tiền đòi bồi thường từ 18 tỷ đồng xuống 14,137 tỷ đồng, Tòa chấp nhận bồi thường với số tiền là 10,072 tỷ đồng. Tại buổi TLBT thứ tư ngày 14/10/2016, bất ngờ Tòa chỉ chấp nhận tổng số tiền bồi thường 2,653 tỷ đồng.
Cụ thể, Tòa chấp nhận bồi thường tổn thất tinh thần và bồi thường tiền thu nhập thực tế bị mất trong 5.640 ngày ông Nén bị giam, số tiền là 2.116.980.000 đồng (375.000 đồng/ngày). Trước đó, ngày 31/8 Tòa đã chấp nhận mức bồi thường tổn hại về sức khỏe của ông Nén là 2.151.070.000 đồng (gồm tiền dự liệu tiếp tục điều trị bệnh gan và bệnh tâm thần, tiền thu nhập thực tế bị mất từ ngày 29/11/2015 đến khi ông Nén đủ 60 tuổi, thu nhập thực tế của người chăm sóc ông Nén từ 61 tuổi đến 75 tuổi). Nhưng ngày 14/10, Tòa bác mọi khoản này, chỉ chấp nhận số tiền chữa mắt cho ông Nén là 35 triệu đồng.
Như vậy, Tòa chấp nhận số tiền bồi thường trực tiếp cho ông Nén là 2.151.980.000 đồng, giảm hơn 2,1 tỷ đồng so với mức Tòa chấp nhận trước đó. Tòa chấp nhận mức bồi thường chi phí thăm nuôi ông Nén là 363.920.000 đồng, mức bồi thường chi phí và thiệt hại trong khi đi kêu oan của cụ Truyện, ông Thận và ông Huỳnh Trung Nghĩa (anh rể ông Nén) là 200 triệu đồng, chi phí mời luật sư là 172,5 triệu đồng.
Theo nguồn tin từ phía YCBT, vào buổi TLBT lần 5 ngày 14/11, cụ Huỳnh Văn Truyện đề nghị Tòa chấp nhận mức bồi thường “cả gói” là 13 tỷ đồng, giảm hơn 1 tỷ đồng so với yêu cầu trước đó.
Tuy nhiên, sau nhiều giờ thương lượng căng thẳng, đến hơn 17h ngày 14/11 Tòa chỉ chấp nhận tổng mức bồi thường là 5.024.700.000 đồng. Trong đó, các khoản giữ nguyên như sau buổi TLBT lần 4 là: Bồi thường tổn thất tinh thần và bồi thường tiền thu nhập thực tế bị mất trong thời gian ông Nén bị giam, chi phí thăm nuôi ông Nén và chi phí mời luật sư.
Mức bồi thường tổn hại về sức khỏe của ông Nén được tăng từ 35 triệu đồng lên 871,3 triệu đồng. Mức bồi thường chi phí đi kêu oan cho ông Nén của cụ Truyện, ông Thận và ông Nghĩa tăng từ 200 triệu đồng lên 1,5 tỷ đồng…
Tòa đề nghị phía YCBT nhận trước số tiền tên, còn các khoản chưa thống nhất sẽ tiếp tục thương lượng hoặc phía YCBT khởi kiện ra tòa để giải quyết. Nhưng cụ Huỳnh Văn Truyện không đồng ý, không ký vào biên bản buổi TLBT lần thứ 5, còn ông Nén đã bỏ ra ngoài trước đó, cũng không ký vào biên bản.