Cụ thể, Kết luận số 9633 thể hiện, 10 nhà thầu không ký tên, 5 nhà thầu ký tên đã nộp tiền cho ông Thông (cán bộ) và ông Nguyễn Long (Trưởng phòng Tài chính, Cục Đường thủy nội địa). Kết luận chỉ rõ, ông Thông nhận 1,5 tỷ đồng, còn ông Long không thừa nhận liên quan số tiền nêu trên.
Theo Thanh tra Bộ GTVT, dù nhà thầu phủ nhận chữ ký của họ, nhưng người nhận tiền đã khai. Ông Thông dùng số tiền thu được, chi cho các cá nhân Cục Đường thủy nội địa để tổ chức hội nghị, hội thao, tiền ăn cho cán bộ, công chức và người lao động...
Thanh tra Bộ cho rằng chưa có kết quả đối chất các nhân chứng, mới chỉ là lời khai một phía từ ông Thông nên chưa đủ căn cứ khẳng định ông Trần Đức Hải chỉ đạo việc này.
9 cá nhân được xác định là chuyên viên, trưởng các phòng nghiệp vụ đã sử dụng hơn 406 triệu đồng cho công việc tại Cục Đường thuỷ nội địa. Còn lại, ông Thông phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về gần 4,4 tỷ đồng.
Theo đó, nguyên nhân dẫn đến vụ việc là do lỗi chủ quan của các cá nhân tham mưu cùng lãnh đạo Cục, do sự thiếu hiểu biết pháp luật ở cả các cấp. Trách nhiệm này trước hết thuộc về người đứng đầu là Cục trưởng Đường thủy nội địa Việt Nam, sau đó là các phó cục trưởng, trưởng phòng nghiệp vụ và chuyên viên tham mưu.
Theo kết luận Thanh tra: “Hành vi thu tiền của các nhà thầu, hành vi duyệt chi cho hội nghị, hội thao, ăn uống, tiếp khách... của Cục Đường thủy nội địa là vi phạm pháp luật, mức độ là nghiêm trọng”.
Dựa vào các căn cứ trên, Bộ GTVT đã yêu cầu tổ chức kiểm điểm ông Hoàng Hồng Giang, Cục trưởng; ông Trần Đức Hải, Phó cục trưởng, ông Trần Văn Thọ, nguyên Phó cục trưởng, do có sai sót trong việc ký duyệt, để cá nhân lấy tiền từ ông Thông.
Bộ GTVT đã ký quyết định thu hồi số tiền hơn 4,3 tỷ đồng từ ông Thông và 406 triệu đồng từ các cá nhân đang công tác tại Cục đường thủy nội địa, nộp vào ngân sách Nhà nước.
