Vào ngày18/9/1996, một tàu ngầm lớp Sang-O do các sỹ quan Cục Trinh sát điều khiển bị mắc cạn gần Gangneung, Hàn Quốc. Con tàu này, theo bài tường thuật trên National Interest, trước đó hai ngày đã phái đi một đội biệt kích gồm 3 người đi thăm dò một căn cứ hải quân của Hàn Quốc. Đêm hôm trước, tàu đã không đón được đội biệt kích trở về. Lần thứ hai quay lại tìm cách đón người, con tàu mắc cạn, trong khi nó hoàn toàn có thể được nhìn thấy từ bờ biển.
Trên con tàu ngầm là 21 thủy thủ cùng giám đốc và phó giám đốc Cục Trinh sát hải quân. Hàn Quốc đã phát động cuộc săn lùng bằng không quân và lực lượng đặc biệt trong 49 ngày và bắt hoặc tiêu diệt gần như toàn bộ số binh sỹ Triều Tiên. Nhiều người trong số này tự sát hoặc bị cấp trên tiêu diệt nhằm tránh để bị bắt sống. Thuy thủ hoặc điệp viên Triều Tiên duy nhất còn lại, được cho là đã quay trở về Triều Tiên, vượt qua khu phi quân sự (DMZ). Trong đợt tìm kiếm, 12 người Hàn Quốc bị giết.
Năm 1998, một tàu ngầm mini lớp Yugo bị mắc vào lưới của một tàu đánh cá Hàn Quốc và bị kéo về một căn cứ hải quân. Khi binh sỹ Hàn Quốc vào bên trong tàu, họ chứng kiến một cảnh tượng rùng rợn: 5 thủy thủ tàu ngầm và 4 đặc vụ của Cục Trinh sát, tất cả đều đã chết, trên người có vết đạn. Sau khi xem xét hiện trường, phía Hàn Quốc kết luận rằng 5 thủy thủ đã bị các đặc vụ tiêu diệt, sau đó họ cũng tự sát.
Tàu ngầm lớp Yugo Con tàu bị cho là vô tình vướng vào lưới đánh cá đang trên đường trở về Triều Tiên, sau khi đón một đội biệt kích vừa hoàn thành một nhiệm vụ trinh sát.
Vào tháng 3/2010, tàu hộ tống Cheonan của hải quân Hàn Quốc đang hoạt động trên biển Hoàng Hải gần Đường giới tuyến bắc thì bị một quả ngư lôi không rõ từ đâu đánh trúng. Con tàu 1.500 tấn lớp Pohang bị vỡ làm đôi và chìm. 46 thủy thủ binh sỹ hải quân Hàn Quốc thiệt mạng, 56 người bị thương.
Tàu Cheonan trước khi bị đánh chìm Một ủy ban quốc tế được thiết lập để điều tra cho rằng Triều Tiên đứng đằng sau vụ tấn công, với căn cứ chính là mảnh loại ngư lôi hạng nặng CHT-02D của Triều Tiên được tìm thấy ở nơi tàu Cheo nan chìm. Loại tàu tấn công được cho là một tàu ngầm mini lớp Yono.
Loại tàu ngầm mới nhất của Triều Tiên là một bước tiến theo hướng khác hẳn. Loại tàu này có tên Sinpo hay Gorae (cá voi), được trang bị tên lửa đạn đạo. Tàu này được xem là sự pha trộn các kỹ thuật của những tàu đời trước, với công nghệ phóng từ tàu lớp Golf của Liên Xô, ra đời từ thời Chiến tranh lạnh. Triều Tiên được nói là đã nhập khẩu một số tàu lớp Golf trong những năm 1990, có vẻ như với mục đích dỡ ra lấy linh kiện.
Tàu lớp Sang-O mắc cạn năm 1996 Cả tàu Golf lẫn tàu Gorae đều mang ống phóng tên lửa đạn đạo. Các loại ống phóng này cũng được cho là sẽ sử dụng loại tên lửa Pukkuksong-1chuyên bắn đi từ tàu ngầm, đang được phát triển. Nếu thành công, chỉ một lượng nhỏ tàu Gorae cũng có thể tạo ra sức tấn công tuy đơn giản nhưng hiệu quả, cho phép Triều Tiên thực hiện các đòn tấn công trả đũa mặc dù có thể bị tấn công phủ đầu ồ ạt.
