Giữ cương vị Chủ tịch UBND huyện Krông Pắk chẳng bao lâu, ông Nguyễn Sĩ Kỷ đã chỉ đạo ký hợp đồng với hàng trăm giáo viên ngoài chỉ tiêu được giao. Theo báo cáo số 21/BC-PNV của Phòng Nội vụ huyện Krông Pắk, tính đến cuối năm 2015, UBND huyện Krông Pắk đã ký hợp đồng dư tới 80 giáo viên so với biên chế được giao. Còn theo kết quả kiểm tra mới đây của Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Đắk Lắk, UBND huyện Krông Pắk đã ký hợp đồng với hơn 600 giáo viên các cấp. Ngoài ra, lãnh đạo UBND huyện Krông Pắk cũng đã bổ nhiệm dư hơn 35 cán bộ quản lý giáo dục (bậc mầm non dư 8 cán bộ quản lý, bậc tiểu học dư 18 cán bộ và bậc trung học cơ sở dư 9 cán bộ). Trách nhiệm chính thuộc về Chủ tịch UBND huyện Krông Pắk giai đoạn 2010-2015 và các cơ quan tham mưu của huyện.
Năm 2013, Thanh tra tỉnh Đắk Lắk đã có kết luận số 60/KL-TTr về việc chấp hành Luật ngân sách Nhà nước và thực hiện chính sách pháp luật trong quản lý đầu tư xây dựng cơ bản tại UBND huyện Krông Pắk. Tại kết luận này, Thanh tra tỉnh đã kiến nghị Chủ tịch UBND huyện Krông Pắk Nguyễn Sĩ Kỷ chỉ đạo Phòng Nội vụ và Phòng GD-ĐT huyện kiểm tra, rà soát lại chỉ tiêu biên chế được giao, số lượng giáo viên hiện có của các trường học để sắp xếp và bố trí lại cho phù hợp; Chấm dứt toàn bộ các trường hợp giáo viên kí hợp đồng trong biên chế vượt chỉ tiêu được giao và chấm dứt toàn bộ các trường hợp giáo viên kí hợp đồng ngắn hạn. Nhưng Chủ tịch UBND huyện Krông Pắk đã không thực hiện theo tinh thần kết luận của Thanh tra tỉnh Đắk Lắk.
Ngoài những sai phạm nói trên, vào năm 2015, ông Nguyễn Sĩ Kỷ Chủ tịch UBND huyện Krông Pắk còn tự ý cho Cty TNHH Hiếu Thiện cải tạo, nâng cấp Nghĩa trang thị trấn Phước An khi chưa thông qua phê duyệt của HĐND huyện. Cty Hiếu Thiện đã tự ý xây dựng hệ thống cổng, tường rào bao quanh khi chưa có quy hoạch chi tiết tổng mặt bằng và giấy phép xây dựng các hạng mục bên trong; quản lý, khai thác nghĩa trang, đưa ra giá dịch vụ nghĩa trang chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt, vi phạm các quy định tại Nghị định số 35/2008/N Đ-CP của Chính phủ về xây dựng, quản lý và sử dụng nghĩa trang.
