Theo đó, tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nhỏ, lẻ như đất, đá, cát, sỏi... sẽ bị cơ quan thuế tổ chức kiểm tra (nếu các tổ chức, cá nhân này không kê khai làm đầu mối thu mua).
Cơ quan thuế sẽ căn cứ hợp đồng mua bán tài nguyên, hóa đơn, chứng từ, bảng kê thu mua tài nguyên để xác định quy mô của tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nhỏ lẻ. Cùng đó, đối chiếu việc khai, nộp thuế tài nguyên đối với sản lượng khai thác để ngăn ngừa, phát hiện gian lận trốn thuế tài nguyên.
Trường hợp cơ sở khai thác đất, đá, cát, sỏi sản lượng lớn, nhưng không thực hiện đăng ký nộp thuế theo kê khai, chế độ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ theo quy định; cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, đối chiếu, xác định sản lượng tài nguyên thực tế khai thác để thu thuế và xử lý vi phạm theo quy định.
Dự thảo cũng quy định, riêng tập đoàn, tổng công ty đã được Chính phủ cấp phép khai thác khoáng sản và phân cấp cho các đơn vị trực thuộc; các đơn vị thực hiện khai, nộp thuế tài nguyên cho sản lượng tài nguyên khai thác phát sinh tại đơn vị mình theo giá tính thuế tài nguyên do UBND cấp tỉnh quy định.
