Việc thu hồi diễn ra tại 5 phường quận 9 gồm Tân Phú, Tăng Nhơn Phú A, Tăng Nhơn Phú B, Long Thạnh Mỹ và Phước Long B. Tuy nhiên, theo TTCP, trên thực tế thành phố lại thu hồi đất tại phường Hiệp Phú mặc dù trong Quyết định 989/QĐ-TTg của Thủ tướng không đề cập đồng thời không thu đất tại phường Phước Long B được xác định trong quyết định nói trên của Thủ tướng Chính phủ.
Tiếp đến năm 2003, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 95/QĐ-TTg về phê duyệt quy hoạch tổng thể và dự án xây dựng Khu CNC giai đoạn 1 với tổng diện tích là 804 ha tại 6 phường ở quận 9 (bổ sung thêm phường Hiệp Phú cùng với 5 phường cũ). Trong lần thứ 2 thu hồi đất, UBND TPHCM đã thu hồi bổ sung 6,9 ha để thực hiện dự án khi chưa được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận.
Đặc biệt, trong lần thu hồi đất thứ 3, TPHCM đã thu hồi bổ sung tới 102 ha khi chưa được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận. Đến năm 2005, UBND TPHCM mới có văn bản số 4525/UBND-ĐT báo cáo và kiến nghị Thủ tướng Chính phủ phê duyệt điều chỉnh quy hoạch tổng thể dự án đầu tư xây dựng mới Khu CNC từ 804 ha lên 913ha.
Đến năm 2006, UBND TPHCM ban hành Quyết định số 4877/QĐ-UBND điều chỉnh địa danh thu hồi đất, thay tên phường Phước Long B thành phường Hiệp Phú. Động thái này bị một số người cho là hợp thức hóa việc thu hồi đất ngoài ranh dự án không có trong Quyết định số 989/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Điều này dẫn tới khiếu nại bức xúc gay gắt của các hộ dân bị thu hồi đất.
Ngày 18/4/2007, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 458/QĐ-TTg điều chỉnh và bổ sung quy hoạch tổng thể Khu CNC với nội dung dự án được xây dựng trên 5 phường quận 9 gồm phường Tân Phú, Hiệp Phú, Tăng Nhơn Phú A, Tăng Nhơn Phú B, Long Thạnh Mỹ (bỏ phường Phước Long B) với diện tích 913 ha.
Năm 2008, UBND TPHCM phê duyệt điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng tỷ lệ 1/5000 Khu CNC, xác định diện tích tổng thể của dự án là 913 ha; trong đó, đất khu CNC là 872 ha và 41 ha là đất các dự án khác nằm trong ranh dự án.
Năm 2010, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định 24/QĐ-TTg phê duyệt điều chỉnh quy hoạch chung TPHCM đến năm 2025 xác định, Khu CNC quận 9 có quy mô 872ha. Quyết định này của Thủ tướng không nhắc đến 41ha mà UBND TPHCM phê duyệt dưới tên gọi “các dự án khác”.
UBND TPHCM giao UBND quận 9 thu hồi thêm 149 ha đất nằm ngoài ranh Khu CNC (khu 913 ha) để lập 9 dự án gồm 7 dự án tái định cư, 1 khu nhà ở chuyên gia và 1 khu nhà lưu trú cho công nhân.
Như vậy, tổng cộng UBND TPHCM đã thu hồi 1.062ha đất. Theo TTCP, việc thu hồi này thể hiện công tác quy hoạch quỹ đất phục vụ tái định cư không sát thực tế. Mặc dù trong Khu CNC đã quy hoạch khu nhà ở chuyên gia với diện tích 27,76 ha nhưng chưa xây dựng trong khi vẫn thu hồi thêm đất ngoài ranh với diện tích 62,2 ha.
Kết luận của TTCP cũng chỉ rõ, các quyết định thu hồi đất của UBND TPHCM không phối hợp với các bộ ngành liên quan, trái với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Từ năm 1998-2008, UBND TPHCM không lập quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất mà chỉ căn cứ đồ án điều chỉnh quy hoạch chung Khu công nghiệp kỹ thuật cao do Viện Quy hoạch xây dựng thành phố thiết lập nhưng chưa được cơ quan có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt để rồi điều chỉnh tăng gần 4 ha là không đúng quy định khi thực hiện thu hồi và giao đất.
Mặt khác, UBND TPHCM cũng làm sai quy định về xác định ranh giới đất phải thu hồi, sai sót trong việc công bố quy hoạch, không lập bản đồ xác định vị trí ranh giới, mốc giới kèm theo quyết định thu hồi đất. Hội đồng bồi thường không lập phương án đền bù, hỗ trợ thiệt hại và tái định cư. Trong tổng số 3.113 hộ dân bị thu hồi đất, có 2.035 hồ sơ được UBND quận 9 kiểm kê, ban hành quyết định công bố giá trị bồi thường trước ngày Luật Đất đai 2003 có hiệu lực (ngày 1/7/2004) gây thiệt thòi cho người dân, dẫn tới bức xúc và khiếu nại kéo dài. Ngoài ra, có thêm 470 hộ dân phải di dời khi thành phố thu hồi thêm 149ha nằm ngoài ranh dự án để phục vụ công tác xây dựng các khu tái định cư.
Phê bình, rút kinh nghiệm
Tháng 5/2018, UBND TPHCM đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ tình hình khiếu nại, tố cáo đông người, phức tạp, kéo dài tại dự án Khu CNC và Khu đô thị mới Thủ Thiêm. Tại dự án Khu CNC, TPHCM đã rà soát, kiểm tra việc hoán đổi “1.111,5 m2 đất công” cho Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ Minh Tuấn và đã thu hồi các giấy chứng nhận đã cấp cho công ty đối với diện tích đất nền quy đổi từ diện tích đất “công” thuộc dự án. UBND quận 9 đã tiếp nhận toàn bộ quỹ đất nền hoán đồi để tái định cư cho các hộ dân. Ngoài ra, UBND TPHCM đã chỉ đạo tổ chức kiểm điểm 7 đơn vị gồm Ban Quản lý Khu CNC, Sở Tài chính, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Quy hoạch Kiến trúc, Sở Xây dựng, UBND quận 9 và Công ty TNHH MTV Dịch vụ công ích quận 9 bằng hình thức “phê bình, rút kinh nghiệm”.