Kết quả thanh tra dự án Khu dân cư Bà Điểm chỉ ra nhiều sai phạm trong quản lý đầu tư và xây dựng. Điển hình: Đoàn thanh tra phát hiện chủ đầu tư và đơn vị tư vấn giám sát nghiệm thu, thanh toán hơn 21 tỷ đồng thiếu căn cứ. Ngoài ra, chủ đầu tư đã vi phạm Luật Nhà ở khi ký hợp đồng huy động góp vốn đầu tư của khách hàng với số tiền hơn 100 tỷ đồng, trong khi UBND TPHCM chưa có quyết định giao đất; chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế với số tiền hơn 2,7 tỷ đồng…
Còn tại Bộ TN&MT, TTCP xác định việc ban hành các văn bản quy phạm pháp luật, văn bản hướng dẫn theo thẩm quyền còn chậm; chất lượng một số văn bản còn hạn chế, chưa phù hợp với Luật Khoáng sản. Bên cạnh đó, có một số văn bản khó thực hiện phải sửa đổi, bổ sung, lúng túng trong xử lý, thực hiện…
Mặt khác, TTCP cho rằng, Bộ TN&MT chưa kịp thời ban hành thông tư hướng dẫn theo thẩm quyền về trách nhiệm được giao về bảo vệ khoáng sản chưa khai thác; thực trạng khai thác khoáng sản trái phép còn diễn ra phổ biến tại nhiều tỉnh, thành phố. Tại hai kết luận thanh tra trên, TTCP kiến nghị các cơ quan chức năng có biện pháp khắc phục kịp thời những sai sót, tồn tại.