Trong 5 năm qua, toàn ngành đạt được những thành tích đáng tự hào trong hầu hết các mặt công tác.
Trước hết là công tác thi đua thực hiện nhiệm vụ cải cách, phát triển, hiện đại hóa ngành đã đạt được những kết quả đáng khích lệ. Hiện nay, đã triển khai thí điểm thủ tục hải quan điện tử tại 12 cục Hải quan tỉnh, thành phố với 15 Chi cục Hải quan, 1.139 doanh nghiệp tham gia, kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu đạt hơn 3,5 tỷ USD, phấn đấu đến hết năm 2010 đạt 70% Chi cục được triển khai hải quan điện tử và 70% kim ngạch xuất nhập khẩu bằng phương thức này.
Việc áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hải quan hiện đại cũng được chính thức áp dụng từ 01/01/2006. Hạ tầng CNTT được đảm bảo phục vụ triển khai các dự án, chương trình trọng tâm. Các Cục và Chi cục hải quan đều có mạng LAN và WAN kết nối với hạ tầng truyền thông thống nhất của ngành Tài chính; triển khai hệ thống an ninh an toàn ở mức độ cơ bản; 80% số cán bộ, công chức toàn ngành được trang bị máy tính; 100% cán bộ trong dây chuyền nghiệp vụ được trang bị máy tính nối mạng.
Toàn ngành cũng thi đua tích cực và triển khai thực hiện có kết quả Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan và Luật Quản lý thuế xuất khẩu, nhập khẩu sửa đổi. Hiện nay phương thức hoạt động hải quan hiện đại đã được thực hiện theo nguyên tắc áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro, chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm, ứng dụng rộng rãi CNTT. Cải cách hành chính về thủ tục hải quan đạt kết quả đáng kể: hồ sơ hải quan đơn giản hơn, rút gọn các bước trong quy trình thủ tục, thời gian thông quan được rút ngắn, tỷ lệ miễn kiểm tra hàng hóa tăng…
Quyền và nghĩa vụ của người khai hải quan cũng được minh bạch hóa. Tăng cường việc tự khai, tự chịu trách nhiệm của người khai thuế, nộp thuế, giảm nợ thuế, tăng thu cho ngân sách nhà nước. Ngành cũng tiến hành nhiều giải pháp tích cực và có hiệu quả để mức thu thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu luôn tăng so với chỉ tiêu được giao, trong điều kiện mức thuế suất hàng hóa năm sau luôn thấp hơn năm trước do phải cắt giảm thuế theo lộ trình cam kết với WTO, ASEAN và các hiệp định song phương khác. Đặc biệt, năm 2009, trong bối cảnh khủng hoảng kinh tế thế giới, hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu trong nước gặp nhiều khó khăn nhưng Hải quan Việt Nam vẫn thu vượt chỉ tiêu, đạt 143.852 tỷ đồng, tỷ lệ hoàn thành là 118,7%.
Trong 5 năm qua, vai trò của ngành Hải quan trong cuộc đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới cũng được nâng cao. Từ năm 2006 đến hết quý I/2010, lực lượng kiểm soát hải quan toàn ngành đã phát hiện và bắt giữ 56.768 vụ vi phạm, thu nộp ngân sách 449.806 tỷ đồng. Trong đó, phát hiện, bắt giữ buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới là 9.133 vụ, ma túy 263 vụ, vi phạm hành chính 747.131 vụ, sở hữu trí tuệ, hàng giả 36 và 204 vụ việc khác.
Có được những kết quả toàn diện đó là nhờ lực lượng hải quan không ngừng được xây dựng, củng cố trong sạch, vững mạnh, đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hóa hải quan. Tính đến hết năm 2009, toàn ngành có 8.421 cán bộ công chức, trong đó có 230 trình độ trên đại học, chiếm 2,73%; 6.210 cán bộ trình độ đại học, chiếm 73,74%; 1.153 cán bộ trình độ cao đẳng và trung học chuyên nghiệp, chiếm 13,69%.
Cùng với thành tích và sự chuyển biến mạnh mẽ đó của thực tiễn ngành, công tác khen thưởng cũng có những đổi mới tích cực, đổi mới về cả quan điểm, nguyên tắc xét thi đua – khen thưởng lẫn quy trình thủ tục, đối tượng được khen thưởng và ngày càng nâng cao chất lượng khen thưởng. Trong 5 năm qua, nhiều cá nhân, tập thể của ngành đã vinh dự được Nhà nước, Chính phủ và cấp trên tặng nhiều phần thưởng cao quý.
Một số phần thưởng tiêu biểu được trao cho các tập thể và cá nhân: Huân chương Độc lập hạng nhì trao cho Cục Hải quan TP Hải Phòng; Huân chương Lao động hạng nhất trao cho Cục CNTT và Thống kê Hải quan, Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh và ông Nguyễn Đức Tuyến – nguyên Cục trưởng Cục Hải quan Trung ương; Huân chương Chiến công hạng nhất cho Chi cục Hải quan cửa khẩu sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất (Hải quan TP HCM), Đội Kiểm soát phòng chống ma túy (Cục Hải quan Nghệ An), Đội kiểm soát Hải quan và Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Hải Phòng khu vực 2 (Cục Hải quan Hải Phòng); Anh hùng lao động trao cho Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh. Nhiều tập thể, cá nhân khác trong ngành cũng nhận được nhiều phần thưởng cao quý khác như Cờ thi đua của Chính phủ, Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, Bằng khen danh dự của Tổ chức Hải quan thế giới, tặng thưởng của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan và các tổ chức Đảng, Đoàn thể khác.
Trong thời gian tới, ngành Hải quan sẽ nỗ lực phấn đấu hơn nữa để được tặng thưởng Huân chương Sao vàng vào năm 2015 nhân dịp kỷ niệm 70 năm thành lập.
