Ba vấn đề được Bộ Xây dựng chỉ ra gồm, đồ án điều chỉnh quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/2000 phường Quyết Thắng, thành phố Biên Hòa (được Ủy ban Nhân dân tỉnh Đồng Nai phê duyệt tại Quyết định số 1669/QĐ-UBND ngày 16/6/2009) đã xác định khu đất dự án lấn sông Đồng Nai khi chưa thực hiện quy trình điều chỉnh cục bộ các nội dung liên quan đến đồ án điều chỉnh quy hoạch chung thành phố Biên Hòa (đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt trước đó).
Thứ hai, nội dung đồ án điều chỉnh quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/2000 phường Quyết Thắng, thành phố Biên Hòa chưa xác định rõ chức năng đô thị cho khu đất dự án lấn sông (bao gồm khu công viên cây xanh cảnh quan và các công trình xây dựng nhà ở, thương mại như dự án đang được thực hiện).
Thứ ba, quá trình lập quy hoạch chi tiết của dự án cải tạo cảnh quan và phát triển đô thị ven sông Đồng Nai kéo dài nhưng nội dung đồ án quy hoạch chỉ được lấy ý kiến rộng rãi của cộng đồng dân cư duy nhất một lần, cách thời điểm phê duyệt đồ án gần hai năm. Quy mô dự án Cải tạo cảnh quan và phát triển đô thị ven sông Đồng Nai không thống nhất giữa Quyết định số 2923/QĐ-UBND ngày 13/9/2013 (phê duyệt quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/500 dự án cải tạo cảnh quan và phát triển đô thị ven sông Đồng Nai tại phường Quyết Thắng, thành phố Biên Hòa) và Quyết định số 2230/QĐ-UBND ngày 21/7/2014 (về việc chấp thuận đầu tư dự án Cải tạo cảnh quan và phát triển đô thị ven sông Đồng Nai).
Trước đó, các chuyên gia của Mạng lưới sông ngòi Việt Nam cũng chỉ ra sáu vấn đề cần làm rõ với dự án gồm địa chất: Địa mạo; thủy văn, dòng chảy; hệ sinh thái; tham vấn cộng đồng và báo cáo đánh giá tác động môi trường. Theo các chuyên gia, tính toán và đánh giá trong ĐTM mới ở mức sơ bộ, chưa phải là dành cho một dự án thi công, thiếu nhiều thông tin hoặc chưa đủ độ tin cậy. Một số mô hình tính toán chưa đủ tin cậy, phạm vi tính toán nhỏ, thiếu nhiều dữ liệu đầu vào. Các chuyên gia kiến nghị hủy dự án đồng thời kiểm nghiệm các mẫu đất, đá dùng để lấn sông Đồng Nai.
