Tổng hợp những vướng mắc, bất cập và kiến nghị sửa đổi quy định của pháp luật phòng, chống tham nhũng từ các cơ quan Trung ương (T.Ư) và địa phương gửi về Chính phủ cho thấy, có nhiều ý kiến đề nghị thành lập cơ quan chuyên trách, độc lập về PCTN. Cụ thể, có 36 cơ quan, đơn vị, trong đó có Văn phòng Chính phủ, Bộ Tài chính, Bộ Quốc phòng, Bộ Công Thương, Viện KSND Tối cao, UBND TPHCM… đề nghị thành lập cơ quan chuyên trách, độc lập về PCTN. Đồng thời nghiên cứu thống nhất mô hình các cơ quan thực hiện PCTN độc lập với hành pháp. Ngoài ra, để nâng cao hiệu quả trong việc thu hồi tài sản tham nhũng, UBND tỉnh Lâm Đồng đề nghị thành lập cơ quan chuyên trách, độc lập về thu hồi tài sản tham nhũng.
Thực tế, việc đề xuất thành lập cơ quan chuyên trách, cơ quan độc lập về PCTN cũng là nội dung được rất nhiều đại biểu đề xuất khi sửa đổi Luật Phòng, Chống tham nhũng năm 2012. Ngoài ra, tại các kỳ họp gần đây, đề xuất trên tiếp tục được nhiều đại biểu nêu ra. Theo đại biểu Nguyễn Bá Thuyền (Lâm Đồng) cần thành lập cơ quan điều tra, chống tham nhũng độc lập với cơ quan công an hiện nay và chỉ lập ở cấp trung ương, trao cho các cơ quan này toàn quyền trong việc điều tra các cán bộ cấp cao khi có những dấu hiệu vi phạm.
Đại biểu Trần Đình Nhã (Thừa Thiên - Huế) cũng từng đề nghị Quốc hội lập cơ quan độc lập chuyên trách điều tra tội phạm chống tham nhũng. Theo đó, cơ quan trên chỉ tập trung vào điều tra các tội là tội tham ô, hối lộ và lợi dụng chức vụ quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi. Theo ông Nhã, đây sẽ là một cơ quan độc lập giống như Kiểm toán Nhà nước. Chỉ tập trung xử lý tố giác tội phạm tham nhũng, có thể điều động hoặc nhận biệt phái các điều tra viên trong các cơ quan tư pháp khác.
Phó Ban Nội chính T.Ư Võ Văn Dũng thì kiến nghị, thành lập Ban Chỉ đạo về PCTN cấp tỉnh trực thuộc tỉnh ủy, thành ủy do bí thư tỉnh ủy, thành ủy làm Trưởng Ban Chỉ đạo. Bên cạnh đó, nghiên cứu thành lập Ban Chỉ đạo PCTN tại các cấp ủy, tổ chức đảng ở T.Ư do đồng chí Bí thư Ban cán sự đảng, Đảng đoàn làm Trưởng Ban Chỉ đạo.
Trước đó báo cáo tổng kết 10 năm thực hiện Luật PCTN, ông Phan Văn Sáu, Tổng Thanh tra Chính phủ cho biết, việc tổ chức các đơn vị chuyên trách PCTN trong các ngành chức năng như thanh tra, công an, kiểm sát, tòa án còn thiếu tính hệ thống. Các đơn vị này vẫn thực hiện nhiệm vụ PCTN trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ chung mà chưa có thẩm quyền, công cụ đặc thù, phạm vi trách nhiệm chưa rõ ràng. Sự phối hợp giữa các đơn vị còn nhiều vướng mắc cả về quy định của pháp luật và sự vận hành trên thực tế.
