Từ trước đến nay, các đại học công lập được Nhà nước bao cấp và cấp kinh phí hỗ trợ theo số lượng sinh viên. Nghĩa là người học chỉ phải đóng một phần kinh phí trong chi phí đào tạo. Nếu được tự chủ thì nguồn kinh phí thường xuyên "bao cấp" của Nhà nước sẽ bị cắt. Và chính sách học phí của Trường ĐHBK Hà Nội sẽ được thực hiện theo lộ trình như sau:
Thứ nhất, đối với sinh viên đã nhập học từ tháng 10/2016 trở về (K61), Trường được thu học phí không vượt quá 20% mức trần học phí quy định đối với các chương trình đào tạo đại trà trình độ ĐH tại các cơ sở giáo dục công lập chưa bảo đảm kinh phí chi thường xuyên và chi đầu tư (Mức trần theo nghị định 86 là 7,9 triệu/năm); mức tăng tối đa năm sau không quá 30% của năm trước liền kề (theo Nghị định 86, mức trần năm 2017 là 8,7 triệu/năm). Tức là, đối với các sinh viên nhập học trước thời điểm tháng 10/2016 (K61 trở về trước), mức trần học phí là 9.5 triệu đồng/năm thì đến năm học 2017 – 2018, mức trần học phí sẽ là 11,3 triệu đồng/năm. Với quy định này, năm học 2016 – 2017, Trường ĐHBK Hà Nội sẽ “thiếu hụt” ngân sách khoảng 80 tỷ đồng so với năm học 2015 – 2016.
Thứ hai, đối với các sinh viên nhập học từ năm học 2017- 2018 trở đi, Trường ĐHBK Hà Nội thực hiện cơ chế thu và quản lý học phí với mức thu học phí bình quân tối đa của chương trình đại trà trình độ đại học chính quy năm học 2016 – 2017, nhưng không vượt quá 14 triệu đồng/năm.
Trong mọi trường hợp, Trường ĐHBK Hà Nội luôn cam kết vì lợi ích của sinh viên với các chủ trương cụ thể:
Trường sẽ hỗ trợ toàn bộ phần chênh lệch giữa mức học phí của Trường với mức học phí được miễn, giảm theo quy định của Nhà nước đối với các sinh viên thuộc đối tượng được hưởng chế độ chính sách miễn, giảm học phí theo quy định kể từ khoá tuyển sinh sau tháng 10/2016.
Trường cam kết xây dựng, thực hiện chính sách học bổng, khuyến khích học tập dành cho sinh viên học tập xuất sắc và sinh viên là đối tượng chính sách.
Trường cam kết mức tăng học phí sẽ dành để tăng cường cơ sở vật chất, phòng học, phòng thí nghiệm và nâng cao chất lượng đào tạo. Hiện tại, 80% các phòng học đã được trang bị điều hoà không khí, hệ thống màn chiếu, máy chiếu, âm thanh và đặc biệt là wifi miễn phí. Từng bước Trường sẽ cải thiện điều kiện và môi trường học tập cho sinh viên ngày càng tốt hơn.
