Vụ nổ đầu tiên đã bất ngờ xảy ra bên trong nhà thờ, vào sáng chủ nhật (theo giờ Philippines) tại khu vực Jolo vẫn đang còn giao tranh, trong khi đám đông tín đồ đang tập trung bên trong.
Không lâu sau, vụ nổ thứ hai xảy ra tại một bãi đỗ xe có sự xuất hiện đông đảo binh sĩ, người phát ngôn quân đội Philippines tại thành phố Jolo, Trung tá Gerry Besana cho biết. Hiện trường còn sót lại chỉ là đống đổ nát, cùng một chiếc xe tải quân sự bị hư hỏng nặng.
Theo ghi nhận của Daily Mail, 5 binh sĩ và 12 dân thường đã thiệt mạng, trong khi 57 người khác bị thương. HIện tại, Quân đội Philippines đang vận chuyển một số nạn nhân bị thương bằng máy bay đến thành phố Zamboanga, cách không xa nơi xảy ra vụ việc để tiến hành cứu chữa. Bộ trưởng Quốc phòng Philippines Delfin Lorenzana khẳng định sẽ huy động toàn bộ lực lượng để "thực thi công lý" trước những tội ác vừa diễn ra.
Jolo là thành phố lân cận vùng tự trị Hồi giáo Bangsamoro, vừa được đông đảo người dân địa phương đồng thuận để trở thành khu vực độc lập vào tuần trước. Nhóm phiến quân Hồi giáo Abu Sayyaf hiện được cho là thủ phạm gây ra vụ việc. Năm 2014, nhóm này từng tấn công một chiếc phà trên vịnh Manila, khiến 116 người thiệt mạng, là vụ việc thương vong nghiêm trọng nhất do khủng bố gây ra tại Philippines.