Quá trình xét xử, tòa đã làm rõ được hành vi rút tiền khống của các bị cáo trong vụ án. Đơn cử như việc ký hợp đồng lập Báo cáo nghiên cứu khả thi (BCNCKT) để mua tàu chở dầu, giữa Cty Vận tải Biển Đông với Cty Tài chính công nghiệp tàu thủy (VFC), và việc ký khống hợp đồng lập một phần BCNCKT dự án mua tàu giữa VFC và Cty TNHH Tân Minh Nguyệt.
Theo đó, tháng 12/2005, ông Bùi Quốc Anh (khi đó là Giám đốc Cty Vận tải Biển Đông, thuộc Tổng Cty Công nghiệp tàu thủy Việt Nam - Vinashin), đề nghị lãnh đạo Tổng Cty phê duyệt chủ trương mua tàu chở dầu cũ, nhằm mở rộng khai thác vận tải biển. Nửa năm sau, lãnh đạo Vinashin phê duyệt dự án trên, với số tiền hơn 37 triệu USD.
Trong số tiền trên, các bên thống nhất chi hơn 1,5 tỷ đồng vào hạng mục lập BCNCKT. Để hợp thức hóa hồ sơ, Bùi Quốc Anh đã ký hợp đồng kinh tế thuê VFC lập BCNCKT với giá gần 1,5 tỷ đồng. Ông Bùi Quốc Anh không quên kèm theo đề nghị: “Khi nào VFC nhận được tiền, sẽ phải rút ra và hoàn lại 50% cho Cty Vận tải Biển Đông”.
Sau đó, Bùi Quốc Anh đã bàn bạc với thuộc cấp, nhất là vị kế toán trưởng Đỗ Thị Bích Thủy ký hợp đồng khống với đơn vị thầu phụ, nhằm chuyển tiền cho Biển Đông qua nhà thầu phụ. Và để có hóa đơn thanh toán, kế toán trưởng đã dùng đến một “chuyên gia” mua bán hóa đơn “đen” ở chợ Hòa Bình (còn gọi chợ Trời, ở phố Huế, Hà Nội) tìm nguồn và mua lại hóa đơn đỏ.
Trước khi bước vào phần tranh tụng, vị công tố viên đã kết luận vụ án và đề nghị mức án cụ thể đối với các bị cáo. Theo đó, cựu Phó tổng giám đốc Vinalines Bùi Quốc Anh bị đề nghị từ 6 đến 7 năm tù cho tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Các bị cáo còn lại bị đề nghị từ 24 tháng đến 8 năm tù.
