Theo lộ trình loại trừ sốt rét đã được Bộ Y tế phê duyệt về mục tiêu của Chiến lược quốc gia phòng chống và loại trừ bệnh sốt rét ở Việt Nam giai đoạn 2011 - 2020 và định hướng đến năm 2030 tiến tới loại trừ sốt rét ở Việt Nam, hoạt động chống sốt rét ở nước ta duy trì và đạt hiệu quả đáng kể. Năm 2018, cả nước có 4.813 trường bệnh nhân nhiễm ký sinh trùng sốt rét, giảm 70,16% so với năm 2009, có 12 trường hợp bệnh nhân sốt rét ác tính và 1 trường hợp tử vong do sốt rét. Không có dịch sốt rét xảy ra. Trong đó, KSTSR tập trung chủ yếu ở 3 tỉnh gồm Bình Phước, Gia Lai và Đắk Lắk (chiếm 64,66% toàn quốc).
Ngày 25/4 hàng năm đã được Tổ chức Y tế thế giới lấy làm ngày “Thế giới phòng chống sốt rét”. Chủ đề tuyên truyền của ngày Thế giới phòng chống sốt rét năm 2019 là: “Hãy cùng nhau loại trừ bệnh sốt rét”.
Tuy nhiên, công tác phòng chống sốt rét hiện nay đang gặp một số khó khăn, các kết quả đạt được trong công tác phòng chống sốt rét ở Việt Nam chưa bền vững, ký sinh trùng sốt rét tăng trở lại trong 3 năm gần đây, nguy cơ sốt rét gia tăng vẫn còn rất cao ở nhiều địa phương do nguồn lực đầu tư cho phòng chống sốt rét còn hạn chế, số người sống trong vùng sốt rét lưu hành còn cao, sốt rét kháng thuốc đã xuất hiện ở một số tỉnh và có nguy cơ lan rộng, muỗi truyền bệnh kháng với hóa chất, di biến động dân cư giữa vùng có sốt rét lưu hành và vùng không có sốt rét lưu hành, dân giao lưu qua biên giới, tỷ lệ bệnh nhân mắc sốt rét cao ở nhóm đối tượng này và khó kiểm soát.
Một khó khăn đáng kể nữa là kinh phí từ nguồn ngân sách nhà nước và các nhà tài trợ quốc tế bị cắt giảm. Nhiều tỉnh chưa bố trí ngân sách địa phương để chi các hoạt động phòng chống và loại trừ sốt rét theo Quyết định số 1125/QĐ-TTg ngày 31/7/2017 của Thủ tướng Chính phủ (năm 2018 có 44 tỉnh, thành phố không cấp kinh phí từ nguồn ngân sách địa phương cho hoạt động phòng chống và loại trừ sốt rét) gây khó khăn trong việc triển khai các hoạt động phòng chống và loại trừ sốt rét tại địa phương, có thể làm gia tăng cao số mắc và tử vong do sốt rét, nguy cơ bùng phát dịch sốt rét ở nhiều địa phương, đặc biệt tại các vùng sốt rét lưu hành vừa và lưu hành nặng.
