Bên cạnh kết quả mà Hà Nội đạt được, thanh tra Chính phủ (TTCP) cũng đã chỉ ra những tồn tại, thiếu sót trong công tác quản lý ngân sách, tài chính, tài sản; trong thực hiện cải cách hành chính; trong công tác đầu tư dự án, đầu tư xây dựng công trình giao thông, hạ tầng đô thị và trong quản lý đất đai của thành phố Hà Nội.
Điển hình, việc quản lý thu tiền thuê nhà thuộc sở hữu Nhà nước do lịch sử để lại, qua các thời kỳ còn hạn chế, bất cập, thiếu quy định cụ thể về chế tài xử lý dẫn đến tình trạng có tổ chức, cá nhân chậm, thậm chí chây ỳ trong việc nộp các khoản thuê nhà trong nhiều năm.
Qua kiểm tra thực tế tại quận Cầu Giấy, huyện Từ Liêm (cũ) thấy công tác quản lý đất công còn thiếu chặt chẽ, thiếu công khai, minh bạch như: không có hồ sơ địa chính, không có sổ cập nhật biến động đất công; lấn chiếm đất công, xây dựng trái phép; cho thuê trái phép; bồi thường đất tài sản trên đất công; hợp thức hóa hồ sơ để cấp “sổ đỏ” nhưng chưa được xử lý triệt để.
TTCP kiến nghị UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo các cơ quan chức năng trực thuộc kịp thời chấn chỉnh, khắc phục những khuyết điểm, tồn tại, đồng thời tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra các đơn vị thực hiện quy định của pháp luật về phòng chống tham nhũng, cũng như các lĩnh vực.