+ Ngân sách trung ương: 1.949 tỷ đồng, tính đến thời điểm hiện tại được cấp 998 tỷ đồng, chiếm 51,2% so với kinh phí được phê duyệt.
+ Ngân sách địa phương và các nguồn vốn hợp pháp khác: 1.760 tỷ đồng, tính đến hết năm 2015 theo báo cáo từ các địa phương đã huy động 122,8 tỷ đồng; chiếm 6,97% so với kinh phí được phê duyệt (Năm 2011: 11,3 tỷ đồng, năm 2012: 37,1 tỷ đồng, năm 2013: 29,4 tỷ đồng, năm 2014: 33,5 tỷ đồng; riêng năm 2015 theo báo cáo chưa đầy đủ của địa phương là: 11,5 tỷ đồng).
+ Viện trợ quốc tế: 430 tỷ đồng, tính đến nay mới huy động được khoảng 10 tỷ đồng.
Về nguồn vốn huy động tại địa phương từ năm 2011 - 2015 đều tăng lên, tuy nhiên vẫn chiếm một tỷ lệ nhỏ so với tổng kinh phí, các địa phương khi triển khai Chương trình chủ yếu vẫn dựa vào ngân sách nhà nước cấp.
Về kinh phí từng năm: kinh phí nhà nước cấp năm 2012 tăng 23,7% so với năm 2011, tuy nhiên năm 2013 kinh phí lại bị cắt giảm 11,5% so với năm 2012, năm 2014 cắt giảm 60% so với năm 2013, năm 2015 tuy có tăng 9,7% so với năm 2014 nhưng vẫn quá hạn chế so với các năm trước.
Ngày 19/6/2009, Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 34/2009/NQ-QH12 đẩy mạnh thực hiện chính sách, pháp luật về quản lý chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm, trong đó, khoản 6 điều 2 nêu rõ trong dự toán ngân sách nhà nước hàng năm, bố trí kinh phí đảm bảo đủ mức cần thiết để thực hiện nhiệm vụ quản lý chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm, bảo đảm tăng dần hàng năm cùng với tăng thu của ngân sách nhà nước; trong đó chú trọng tăng kinh phí cho công tác quản lý chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm ở các địa phương, đặc biệt là ở cấp xã. Từ năm 2010 tăng đầu tư cho Chương trình mục tiêu quốc gia về bảo đảm chất lượng, vệ sinh an toàn thực phẩm. Tuy nhiên, mức vốn đầu tư cho Chương trình mục tiêu quốc gia vệ sinh an toàn thực phẩm rất hạn hẹp.
Quan tâm đến an toàn thực phẩm của hơn 90 triệu dân, đảm bảo phát triển giống nòi là giải quyết một phần quan trọng trong chính sách phát triển an sinh – xã hội, đảm bảo cho sự phát triển bền vững của quốc gia. Vì vậy cần quan tâm đầu tư thích đáng để hệ thống quản lý an toàn thực phẩm có đủ nguồn lực, trang bị đủ vật chất, kỹ thuật, năng lực bắt kịp sự phát triển khoa học kỹ thuật trong nước và quốc tế về an toàn thực phẩm, đảm đương được trọng trách quản lý, giám sát an toàn thực phẩm, bảo vệ sức khoẻ nhân dân.
