Theo đó, nguyên tắc phân công, phối hợp quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm là: Một sản phẩm, một cơ sở sản xuất, kinh doanh chỉ chịu sự quản lý của một cơ quan quản lý nhà nước.
Đối với cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 2 bộ trở lên trong đó có sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Y tế thì Bộ Y tế chịu trách nhiệm quản lý.
Cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ NN&PTNT và Bộ Công Thương thì Bộ NN&PTNT chịu trách nhiệm quản lý.
Cơ sở kinh doanh nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 2 Bộ trở lên (bao gồm cả chợ và siêu thị) thì Bộ Công Thương chịu trách nhiệm quản lý trừ chợ đầu mối, đấu giá nông sản do Bộ NN&PTNT quản lý.
Bộ Y tế chịu trách nhiệm quản lý các cơ sở sản xuất, kinh doanh dụng cụ, vật liệu bao gói chứa đựng thực phẩm trừ những loại dụng cụ, vật liệu bao gói chuyên dụng gắn liền và chỉ được sử dụng cho các sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ NN&PTNT và Bộ Công Thương.
Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế), Cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thủy sản (Bộ NN&PTNT) là cơ quan đầu mối tham mưu và tổ chức thực hiện việc xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ cho các cơ quan quản lý nhà nước của ngành ở Trung ương và địa phương... Thông tư liên tịch có hiệu lực từ ngày 26/5/2014.
