Kết quả kiểm toán cho thấy, chi phí đầu tư trước và sau kiểm toán chênh lệch giảm 23,2 tỷ đồng. Số báo cáo là 1.641,37 tỷ đồng và giá trị kiểm toán xác nhận là 1.437 tỷ đồng. Trong đó, chênh lệch chi phí xây lắp 21,1 tỷ đồng, chi phí tư vấn hơn 138 triệu đồng và chênh lệch lãi vay trong quá trình thi công 1,92 tỷ đồng. Nguyên nhân chênh lệch do sai khối lượng 9,8 tỷ đồng, sai đơn giá 11,36 tỷ đồng và sai khác hơn 2 tỷ đồng do nhập lãi vào gốc theo hợp đồng tín dụng không đúng hợp đồng BOT.
KTNN cũng chỉ ra, công tác nghiệm thu thanh quyết toán các gói thầu còn chậm. Bộ GTVT phê duyệt dự án đầu tư khi chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường là chưa tuân thủ quy định tại Nghị định 29 của Chính phủ. Đặc biệt, việc tính toán, xác định tổng mức đầu tư chưa chính xác, chưa hợp lý làm tăng tổng mức đầu tư 179 tỷ đồng. Điều này làm ảnh hưởng đến tính toán thời gian thu hồi vốn trong phương án tài chính của hợp đồng BOT. Cụ thể là tăng thời gian thu hồi vốn của dự án thêm 1 năm 11 tháng 3 ngày.
Dự án có nhà đầu tư đồng thời là chủ đầu tư dự án gồm Liên danh Cty CP đầu tư Đèo Cả, Cty CP tập đoàn Hải Thạch... Dự án có tổng chiều dài toàn tuyến 37,7 km, tổng mức đầu tư 2.644,5 tỷ đồng và không điều chỉnh tổng mức đầu tư trong quá trình thực hiện.
Theo KTNN, trách nhiệm thuộc về Cty CP Tư vấn thiết kế GTVT phía Nam – TEDI South (tư vấn lập dự án), Cty Tư vấn và khảo sát thiết kế, Bộ Quốc phòng (tư vấn thẩm tra), Ban QLDA 7 (cơ quan quản lý dự án), BQL đầu tư các dự án đối tác công ty, Bộ GTVT (cơ quan thẩm định) và đơn vị phê duyệt dự án Bộ GTVT.
