Nhất Linh còn là đại biểu Quốc hội khóa I, là Bộ trưởng ngoại giao trong Chính phủ Liên hiệp kháng chiến,... thế nhưng ông từ chức và lưu vong.
Nhắc tới Nhất Linh, nhà thơ Tú Mỡ nói rằng đó là người vừa đáng yêu vừa đáng tiếc. Ông viết “Điều đáng tiếc là sau kháng chiến, anh đã theo bè lũ Ngô Đình Diệm vào Nam để rồi bị bè lũ ấy chèn ép, cắt mất nguồn sống đến nỗi uất ức phải tự tử”.
Vậy vì sao mà Nhất Linh tự quyên sinh?
Với tấm thẻ căn cước số F 13108 do Phủ thủ hiến Bắc Việt cấp ngày 19/2/1951 tại Hà Nội, ghi rõ: “Nguyễn Tường Tam, nghề nghiệp văn sĩ, nơi sinh tổng Ngọc Trục, Cẩm Giàng, Hải Dương, con ông Nguyễn Tường Nhu và bà Lê Thị Sâm...”, khoảng mùa xuân năm 1951, nhà văn Nhất Linh từ Hà Nội vào Sài Gòn cư trú.
Ở đây ông cho in lại các tác phẩm cũ và viết tác phẩm mới. Thời gian này vợ con ông cũng đã di cư vào Nam. Bà Nhất Linh (tức Phạm Thị Nguyên) mua một căn gác trong chung cư số 39 đường chợ An Đông, Chợ Lớn để lấy chỗ ở và buôn bán.
Sang năm 1955, ông lên Đà Lạt, lấy thú vui là chơi hoa phong lan. Năm 1958 Nhất Linh về ở luôn Sài Gòn hoạt động văn hóa. Ông là vị Chủ tịch đầu tiên của Văn Bút Việt Nam (về sau là cố vấn).
Bấy giờ chính quyền Ngô Đình Diệm ra sức tìm diệt người kháng chiến cũ. Luật 10/59 ra đời đã giết hại bao nhiêu thường dân vô tội, với phương châm là thà giết nhầm còn hơn bỏ sót. Nhất Linh cùng các nhà hoạt động khác thành lập mặt trận Quốc dân đoàn kết, ủng hộ cuộc đảo chính của đại tá Nguyễn Chánh Thi và Trung tá Vương Văn Đông.
Cuộc đảo chính tháng 11 năm 1960 thất bại, hầu hết những người liên can bị bắt. Chính quyền Diệm nhân cơ hội này cho bắt giam các nhân sĩ, lãnh tụ đảng phái, giáo phái khác... chỉ mình Nhất Linh được quản thúc tại gia hơn hai năm rưỡi. Ngày 5 tháng 7 – 1963 Tòa án quân sự đặc biệt Sài Gòn có trát đòi ông có mặt lúc 7giờ30 ngày 8/7/1963, tại Tòa thượng thẩm, số nhà 131 đường Công Lý Sài Gòn, và để nghe xét xử tội “xâm phạm an ninh Quốc gia”. Ngày 6/7/1963, người chiến binh Nguyễn Văn Nam đã tống đạt lệnh này tới tận tay ông.
Trong hồi ký “Nhất Linh – cha tôi” của Nguyễn Tường Thiết phát hành tại Sài Gòn năm 1964, những ngày cuối cùng của Nhất Linh được kể lại như sau:
“… Buổi sáng ngày 7/7/1963, Nhất Linh đi thật sớm. Ông mở ngăn kéo, lấy mấy tập sách, tập bản thảo những tác phẩm cuối cùng, gói vào một tờ nhật báo. Các con đoán có lẽ ông đi họp ở đâu vì cũng đúng vào Chủ nhật tuần trước, tức 30/6 ông đã tới dự phiên họp đặc biệt của nhóm Bút Việt.
Khoảng gần 10 giờ Nhất Linh về. Ông không thay quần áo ngay như mọi lần, cứ để nguyên quần áo tây ngồi xuống ghế xích đu, bên cạnh người con trai. Điếu thuốc lá rung rung ở trên đầu hai ngón tay, ông mở bia, rót vào cốc nhỏ ra dáng suy nghĩ. Một sấp ronéo để trước mặt ông.
Đó là bản cáo trạng khá dày, trong đó có những lời kết tội như “phản quốc”, “xâm phạm an ninh quốc gia”. Trong suốt hơn một giờ, Nhất Linh vẫn giữ im lặng, suy nghĩ. Khoảng 11 giờ, với vẻ thảnh thơi, ông thay quần áo ngủ, rồi dặn người con trai Nguyễn Tường Thiết: “Chiều nay con lại luật sư Chính lấy hết các giấy bác sĩ về. Biết địa chỉ không?”.
Con trai nói: “Con đoán họ chẳng làm gì cậu đâu, nếu họ muốn bỏ tù thì họ đã bắt từ lâu rồi. Việc này họ đem ra xử cho có lẽ, rồi kết mình vô tội để hạ nhục chơi. Vả lại nếu có ra Côn Đảo thì cũng chả sao, chỉ làm giàu thêm cuộc đời tranh đấu của cậu. Cứ coi như là một dịp đi nghỉ mát”.
Nhất Linh đáp lại: “Cậu chẳng sợ kết quả ngày mai ra sao vì ở nhà hay ở tù thì cũng mất tự do như nhau. Có điều bực nhất là họ lấy tư cách gì mà lại đem xét xử những người quốc gia đối lập rồi gán cho họ tội phản quốc”.
Nhất Linh đã chủ ý cho độc dược vào rượu uống. Khi gia đình phát hiện ra thì đã muộn: Cuối phòng, vẫn trên cái ghế xích đu, ông gục đầu hơi ngoẹo về phía vai phải, một cánh tay buông lỏng thả xuống sàn nhà. Dáng điệu ấy thoạt trông thì khổ sở nhưng nhìn lên gương mặt thì tuyệt nhiên không một nét đau đớn. Ông như người ngủ gục.
Gương mặt êm ả, bình thản. Để ý lắm mới thấy một ít nước bọt rỉ ra ở khóe mép… Thân thể ông mềm, trong túi có một tờ giấy, đó là Di ngôn. Ông đã viết hai bản di chúc, một để trong túi áo ngực, một tờ dặn đưa cho bác sĩ Đặng Văn Sung, nhờ ông ấy chuyển ra ngoại quốc.
Nhất Linh đã ra đi ở tuổi 58 để lại di chúc: “Đời tôi để lịch sử xử. Tôi không chịu để ai xử tôi cả. Sự bắt bớ và xử tội tất cả các phần tử đối lập quốc gia là một tội nặng… Tôi chống đối sự đó và tự hủy mình cũng như Hòa thượng Thích Quảng Đức tự thiêu để cảnh cáo những người chà đạp mọi thứ tự do. 7/7/1963 Nhất Linh Nguyễn Tường Tam”.
Theo Thế Uyên trong bài “Người bác” (TLVĐ trong tiến trình văn học dân tộc – NXB VHTT, năm 2000), đám tang ông có nhiều cảnh sát chiến đấu và mật vụ đi lẫn trong những người đưa đám. Đoàn đưa tang đầu tiên là một vòng hoa lớn, sau là một người mang ảnh Nguyễn Thái Học, tiếp theo là tấm ảnh chụp lại hình Nhất Linh do Nguyễn Gia Trí vẽ.
Nhà thơ Vũ Hoàng Chương viếng Nhất Linh đôi câu đối:
* Người quay tơ, đôi bạn, tối tăm, anh phải sống chứ sao đoạn tuyệt
* Đời mưa gió, lạnh lùng, bướm trắng, buổi chiều vàng đâu chỉ nắng thu.
Trừ bốn chữ “chứ sao, đâu chỉ” ra, còn là tên tác phẩm của ông.
Ngày 8/7/1963 phiên tòa bắt đầu xét xử. Trong số những can phạm, có người nào đó đã xé một chiếc áo đen làm thành từng mảnh chia cho mọi người, đeo cánh tay trái làm băng tang Nhất Linh, khiến cho chủ tọa phiên tòa ngỡ ngàng.
“Ủy viên chính phủ”, trung tá Lê Nguyên Phụ tòa án quân sự đặc biệt (người ký trát đòi Nhất Linh ra tòa) nói: “Bọn Quốc dân đảng để tang Nguyễn Tường Tam”. Thực ra theo Trương Bảo Sơn, hôm đó gần ba chục chính trị phạm có mặt tại phiên tòa đều đeo băng tang, chỉ trừ Phan Quang Đán. Kết thúc phiên tòa, mỗi bị cáo bị kết án 5 năm tù đày ra Côn Đảo.
Thi hài Nhất Linh được an táng tại nghĩa trang Giác Minh, sau được hỏa thiêu di cốt, gửi bình tro tại chùa Kim Cương đường Trần Quang Diệu, quận 3, Sài Gòn.
Trước khi mất khoảng mấy giờ đồng hồ, Nhất Linh còn trò chuyện với con trai, khi người con gợi ý cha viết hồi ký, Nhất Linh đã bộc lộ: “Cậu cũng có ý định viết ba quyển. Cuộc đời làm báo của Nhất Linh, cuộc đời làm cách mạng của Nguyễn Tường Tam và quyển thứ ba cậu viết về hoa phong lan”.
Ngoài di chúc gồm 71 từ nói rằng cuộc đời ông để lịch sử xử, ông còn dành cho người vợ một lời tuyệt mệnh, với 20 từ rất cô đọng:
“Mình, Mối tình của đôi ta hàng bao năm đẹp đẽ lắm rồi, không… mong ước gì hơn nữa. Anh, Nhất Linh 7/7/1963”.
Ấy vậy mà đã 45 năm.