Nguyên nhân là do sự thiếu hụt nghiêm trọng dòng chảy từ thượng nguồn sông Mê Kông về Việt Nam. Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia cho biết, từ tháng 6 - 8 năm nay, mực nước thượng lưu sông Mê Kông ở mức thấp hơn trung bình nhiều năm (TBNN) từ 2,5-5,0m, ở trung và hạ lưu thấp hơn từ 2,5-3,5m. Tổng lượng dòng chảy từ thượng nguồn sông Mê Kông về ĐBSCL tại trạm Kratie (Campuchia) thấp hơn TBNN cùng kỳ 48%, tương đương năm 2010 (năm thiếu hụt kỷ lục).
Theo GS Trần Thục, Chủ tịch Hội Khí tượng Thủy văn Việt Nam, tình trạng này sẽ càng trầm trọng khi thủy điện trên dòng chính ở thượng lưu và các thủy điện dòng nhánh tích nước sử dụng cho mục đích riêng. Do đó, mùa khô năm 2019-2020, mực nước đầu nguồn sông Cửu Long sẽ bị chịu ảnh hưởng mạnh của thủy triều dẫn đến thiếu nước trầm trọng và xâm nhập mặn gia tăng.
Khả năng xâm nhập mặn ở ĐBSCL sẽ cao hơn, gay gắt hơn nhiều so với TBNN. Các địa phương ở ĐBSCL cần sớm có các biện pháp chủ động phòng chống.
Trong khi đó, tình trạng hạn hán, thiếu nước tiếp tục diễn ra từ Hà Tĩnh đến Khánh Hòa, đặc biệt là Quảng Nam đến Phú Yên. Lượng dòng chảy cạn kiệt trên các sông khiến xâm nhập mặn vào sâu nội đồng ở các tỉnh Trung bộ. Tại Quảng Trị, Đà Nẵng, Quảng Nam đã xuất hiện độ mặn cao nhất kể từ năm 2005 đến nay. Nhiều nơi, xâm nhập mặn đã vào sâu đất liền hàng chục km như trên sông Thạch Hãn xâm nhập mặn vào sâu tới 35km, sông Gianh vào sâu 30km, sông Bến Hải 25km. Dự báo tình trạng này sẽ tiếp tục trong những ngày tới, hạ lưu một số sông ở Trung Bộ có khả năng xuất hiện độ mặn cao nhất trong chuỗi số liệu quan trắc được.
Tình trạng hạn hán, thiếu nước và xâm nhập mặn ở các tỉnh Trung, Nam Trung bộ kéo dài đến nửa đầu tháng 9. Trên một số sông thuộc Trung bộ có khả năng xuất hiện mực nước thấp nhất trong chuỗi số liệu quan trắc.
Dự báo, mùa lũ năm 2019 trên sông Mê Kông đến muộn, thời gian xuất hiện mực nước đỉnh lũ vào đầu tháng 10/2019. Đỉnh lũ năm nay cũng được dự báo ở mức thấp, tổng lượng dòng chảy thượng nguồn Mê Kông về ĐBSCL thiếu hụt lớn.
