Kinh phí thực hiện tháo dỡ được chi từ nguồn vốn duy tu hàng năm của Sở GTVT TPHCM. Thời gian thực hiện và hoàn thành trong quý 1-2018.
Trước đó, Sở GTVT đã có văn bản đề xuất UBND TPHCM chấp thuận chủ trương cho phép tháo dỡ và tận dụng một số thiết bị để phục vụ một số công tác chuyên môn của sở. Đối với các thiết bị hư hỏng, không còn sử dụng được sẽ thanh lý sau khi tài sản được bàn giao chính thức và được cấp thẩm quyền phê duyệt quyết toán.
Liên quan đến vấn đề xử lý tình trạng ùn tắc giao thông ở 2 đầu hầm Thủ Thiêm, Sở GTVT TPHCM cho biết, sẽ phối hợp với các đơn vị liên quan triển khai phân luồng giao thông như bố trí tăng thêm 1 làn đường hướng vào hầm và hướng thoát khỏi hầm cho xe máy (đối với đầu hầm phía quận 2). Trong trường hợp xe dồn ứ tại khu vực trạm thu phí thì sẽ ngăn xe ô tô vào hầm để ưu tiên cho xe máy. Ngoài ra, ở đầu hầm quận 1, sẽ bố trí ưu tiên cho xe máy lưu thông vào làn đường xe ô tô.
Trong 11 tháng của năm 2017, số lượt xe máy lưu thông qua hầm Thủ Thiêm gần 76 triệu lượt (trung bình 230 nghìn lượt/ngày). Lượng xe ô tô qua hầm gần 15 triệu lượt. So với 11 tháng cùng kỳ năm 2016, lượng xe máy qua hầm tăng 30 nghìn lượt/ngày, xe ô tô tăng gần 9 nghìn lượt/ngày.
Mỗi ngày, tại trạm thu phí điều có lực lượng CSGT, lực lượng Trung tâm quản lý hầm Thủ Thiêm túc trực 24/24 để giám sát, điều tiết xe cộ vào hầm.
Trạm thu phí trên được xây dựng từ năm 2011, tuy nhiên ngay sau đó, thuế bảo trì đường bộ ra đời nên hầm Thủ Thiêm không được phép thu phí để tránh người dân đóng phí 2 lần. Từ đó đến nay, trạm thu phí này bỏ không.
Hệ thống trạm thu phí Thủ Thiêm được đầu tư với 12 cabin, cách cửa hầm 340 m. Trước đó, tháng 9/2012, Sở Giao thông Vận tải TP HCM tổ chức cho thu phí thử nghiệm (không thu tiền) trong khoảng một tháng bằng cách quẹt thẻ. Sau đó những barie ở các làn xe không hoạt động từ khi việc thu phí thử nghiệm kết thúc.
Mới đây, giữa tháng 12/2017, để hạn chế tình trạng ùn tắc nghiêm trọng, quá tải làn dành cho xe máy trong thời gian qua, Trung tâm quản lý hầm Thủ Thiêm đã đề nghị Sở GTVT và UBND TPHCM tháo dỡ trạm thu phí bảo trì tại đầu hầm Thủ Thiêm-hầm vượt sông Sài Gòn.