Theo nhận định của Hội đồng xét xử, có đủ căn cứ khẳng định các bị cáo phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Xét tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ, trong vụ án này các bị cáo không chiếm hưởng cá nhân, mà sử dụng số tiền hơn 4,8 tỉ đồng trên chi tiêu vào các công việc chung của Cục.
Căn cứ tài liệu, chứng cứ, TAND TP Hà Nội đã tuyên ông Trần Đức Hải (nguyên Phó cục trưởng Cục đường thủy nội địa) 6 năm tù; ông Phạm Văn Thông (nguyên Giám đốc Ban quản lý dự án Cục Đường thuỷ nội địa) 6 năm tù và ông Vũ Mạnh Hùng (nguyên Quyền Trưởng phòng kế hoạch đầu tư Cục Đường thuỷ nội địa) 5 năm tù.
Cả ba người bị xét xử trong vụ án nhận tiền từ các nhà thầu để lập quỹ đen ở Cục Đường thuỷ nội địa.
Hội đồng xét xử nhận định, ông Hải đã chỉ đạo ông Thông nhận tiền từ 14 người đại diện cho 16 nhà thầu. Cả ba người sau đó đã bàn bạc với nhau để tiêu tiền. Ông Hải và ông Thông được xác định giữ vai trò chủ yếu, ông Hùng đóng vai trò đồng phạm.
Ngoài ba cựu lãnh đạo nói trên, ông Hoàng Hồng Giang, đương kim Cục trưởng Cục Đường thuỷ nội địa cũng bị Bộ GTVT kỷ luật khiển trách.
Ngoài ra, các ông Trần Văn Thọ, Phó cục trưởng; Ngô Văn Quang, Chủ tịch công đoàn; Nguyễn Văn Long, Trưởng phòng tài chính; Nguyễn Thành Công, chánh văn phòng đều bị xác định có liên quan đến việc nhận và chi tiêu tiền từ nhà thầu nhưng quá trình điều tra chưa rõ mục đích, động cơ việc đưa tiền nên chưa đủ dấu hiệu cấu thành tội phạm.
