Ngày 2/4 ông Nguyễn Huy Quang, Vụ trưởng Vụ Pháp chế (Bộ Y tế) cho biết, Bộ không chấp nhận báo cáo ban đầu của Giám đốc Bệnh viện Tâm thần Trung ương I. Theo ông Quang đây là sự việc nghiêm trọng vi phạm pháp luật chưa từng có tiền lệ tại bệnh viện công ở Việt Nam.
Quan điểm của Bộ Y tế là xử lý nghiêm, không bao che và không có vùng cấm. Bộ Y tế đã đề nghị bệnh viện phải hợp tác cung cấp bằng chứng cho cơ quan điều tra.
Cũng theo ông Quang, Bệnh viện Tâm thần Trung ương I đã có báo cáo ban đầu gửi Bộ Y tế nhưng đây là báo cáo mang tính sơ bộ. Sau buổi làm việc sáng 1/4, đoàn kiểm tra đã yêu cầu bệnh viện làm rõ các điểm về quy trình, trách nhiệm trong sự việc này.
Ông Quang cho rằng bệnh viện phải làm rõ hàng loạt các điểm khúc mắc.
Cụ thể, bệnh viện phải giải thích được việc bệnh nhân Nguyễn Xuân Quý thuộc đối tượng điều trị bắt buộc, theo quy định phải điều trị tại khu vực riêng có người theo dõi giám sát, tại sao lại đưa vào khoa điều trị tự nguyện, sau đó chuyển sang Khoa Phục hồi chức năng và Y học cổ truyền. Khi điều trị tự nguyện, bệnh nhân phải tự trả tiền như thế là không đúng bản chất. Việc điều chuyển bệnh nhân sang Khoa Phục hồi chức năng và Y học cổ truyền có phải bệnh tình đã thuyên giảm? Vấn đề tiếp theo là phòng bệnh này làm trong bao lâu, tại sao lãnh đạo khoa điều trị và bệnh viện đều không ai biết?
Bộ Y tế cũng yêu cầu Ban lãnh đạo Bệnh viện Tâm thần T.Ư I làm rõ việc có hay không hành vi nhận tiền của Nguyễn Xuân Quý và có hay không việc bao che để ổ "bay lắc" xảy ra trong bệnh viện. Theo báo cáo ban đầu của bệnh viện thì tháng 2 vừa qua, bệnh nhân Quý mới lập phòng "bay lắc", trong khi Công an TP Hà Nội đã lập chuyên án điều tra sự việc từ tháng 1. Rõ ràng việc tàng trữ và sử dụng ma tuý đã có từ trước đó. Bộ Y tế cũng yêu cầu bệnh viện phải làm rõ trong số nhân viên bệnh viện ai là người tiếp tay cho tội phạm (ngoài đối tượng thác loạn đã bị bắt) và ai là người tham gia.
Theo ông Quang vụ việc xảy ra ngày 20/3 nhưng bệnh viện không cáo cáo Bộ Y tế, cho đến ngày 31/3, khi Công an TP Hà Nội công bố thì Bộ Y tế mới biết. Điều này cho thấy bệnh viện vi phạm nghiêm trọng trong quản lý hành chính nhà nước.
Bộ Y tế đã yêu cầu lãnh đạo Bệnh viện Tâm thần T.Ư I phải có báo cáo trung thực sự việc, đầy đủ các vấn đề nói trên. Thời hạn tối đa để bệnh viện báo cáo là 15 ngày kể từ ngày 1/4.