Thực tế, Tony Lê Tuấn Anh gặp khá nhiều khó khăn trong việc hòa nhập. Do chưa quen với thời tiết tại Nha Trang nên Tuấn Anh thường hụt hơi so với các đồng đội.
Bên cạnh đó, có một lý do quan trọng khiến Tony Lê Tuấn Anh chưa thể hòa nhập với các đồng đội trong đội tuyển là do chấn thương cũ của anh chưa hoàn toàn bình phục. Cầu thủ sinh ra ở CH Czech đã dính chấn thương đầu gối và sụn chêm.
Trước tình hình như vậy, HLV Hoàng Anh Tuấn buộc phải đưa ra quyết định dứt khoát, đó là loại Tony Lê Tuấn Anh, dù ông đánh giá cao khát vọng của cầu thủ Việt kiều. “Tôi phải đưa ra một quyết định mang tính công bằng. Đặc biệt là chuyên môn. Chúng ta đang chọn ra những cầu thủ tốt nhất cho đội tuyển. Cầu thủ nào chưa đáp ứng được thì nên dừng lại. Tôi nhấn mạnh, đây là đội tuyển chứ không phải CLB, nên không có thời gian để đào tạo”, HLV Hoàng Anh Tuấn bày tỏ quan điểm.
“Tôi có nói chuyện với bố của Tony Lê Tuấn Anh. Bố của cầu thủ này thừa nhận tôi đã làm việc nghiệm túc. Bác sĩ của đội tuyển cũng đã giải thích với Tony Lê Tuấn Anh về chấn thương của cầu này”.
Nhận xét về Tony Lê Tuấn Anh, HLV Hoàng Anh Tuấn khẳng định, đây là một cầu thủ có đam mê, giàu khát vọng cống hiến và điều này không phải cầu thủ nào cũng có. Tuy nhiên, để hòa nhập với môi trường bóng đá Việt Nam, Tony Lê Tuấn Anh cần phải tìm hiểu kỹ và nỗ lực hơn nữa.
Cuối cùng, HLV Hoàng Anh Tuấn cũng gửi thông điệp tới các cầu thủ Việt kiều đang có ý định về chơi bóng tại Việt Nam: "Qua đây cũng phải hiểu rằng bóng đá không đơn giản như nhiều người vẫn nghĩ. Cũng không phải được đào tạo ở châu Âu là có thể dễ dàng chơi bóng được ở Việt Nam. Tôi nghĩ, bài học dành cho cầu thủ ngoại là điển hình nhất. Có bao nhiêu cầu thủ châu Âu thích nghi với môi trường bóng đá Việt Nam, do có sự khác biệt, đặc biệt là điều kiện thời tiết…”.