Cáo trạng này thay thế cáo trạng số 01/KSĐT-VKSTC-V3 ngày 2/12/2016. Theo đó, ngày 7/1/2015 TAND Tối cao đã hủy 1 phần bản án sơ thẩm 27/1/2014 của TAND TP HCM xét xử vụ án Huỳnh Thị Huyền Như và đồng phạm để điều tra lại. Việc điều tra lại nhằm làm rõ hành vi Như và đồng phạm tham ô tài sản chiếm đoạt hơn 1.085 tỷ đồng trên tài khoản tiền gửi của 5 Cty: Cty TMCP Đầu tư Hưng Yên (Cty Hưng Yên); Cty CP Đầu tư và TM An Lộc (Cty An Lộc), Tổng Cty CP Bảo hiểm Toàn Cầu (Cty Bảo hiểm Toàn Cầu); Cty CP Chứng khoán SaigonBank – Berjaya (SBBS) và Cty Chứng khoán Phương Đông (Cty Phương Đông).
Kết quả điều tra xác định, từ năm 2007 Như đã vay trên 200 tỷ đồng của nhiều ngân hàng, tổ chức và cá nhân với lãi suất cao để kinh doanh bất động sản tại TPHCM, Đà Nẵng, Vũng Tàu, Đà Lạt, Quảng Nam, An Giang. Năm 2010, do kinh doanh thua lỗ đồng thời phải trả lãi suất cao, Huyền Như không còn khả năng thanh toán. Từ ngày 1/9/2001 đến 24/6/2010 Như đã là cán bộ của Vietinbank chi nhánh TPHCM và hai tháng sau được bổ nhiệm làm kiểm soát viên quyền Trưởng phòng Giao dịch Điện Biên Phủ, TPHCM. Để có tiền trả nợ, Như đã lấy danh nghĩa đi huy động tiền gửi cho ngân hàng Vietinbank, trực tiếp gặp gỡ thỏa thuận với các đối tượng môi giới đại diện của 5 Cty nêu trên về việc nhận tiền gửi của các đơn vị này với lãi suất ưu đãi vượt lãi suất trần của Nhà nước quy định. Như hứa hẹn trả cho người môi giới đại diện của các Cty tiền chênh lệch ngoài hợp đồng phí môi giới (lãi suất theo quy định của Vietinbank trả còn tiền chênh lệch ngoài hợp đồng, tiền hoa hồng, môi giới do Như trả bằng tiền cá nhân).
Khi các đơn vị này chuyển tiền vào Vietinbank, Như lập chứng từ ký giả chữ ký của chủ tài khoản, trực tiếp thao tác chuyển tiền của các khách hàng đi trả nợ cá nhân. Với thủ đoạn nêu trên trong khoảng thời gian từ tháng 5–9/2011, Như đã chiếm đoạt gần 1.100 tỷ đồng của 5 Cty.
Võ Anh Tuấn biết Như lấy tên giả, lấy danh nghĩa cán bộ của Vietinbank đi huy động vốn nhưng để mặc cho Như làm giả hợp đồng. Nhờ đó, Như đã lừa đảo chiếm đoạt của Cty Hưng Yên hơn 200 tỷ đồng. Theo kết quả xét xử tại bản án sơ thẩm 27/1/2014 của TAND TPHCM đã xác định, trong quá trình lừa đảo Tuấn được Như chia cho 10 tỷ đồng. Ngoài ra, 10 bị can khác nguyên là cán bộ của Ngân hàng Thương mại cổ phần Nam Việt (Navibank) có liên quan đến hành vi giúp sức cho Huỳnh Thị Huyền Như lừa đảo chiếm đoạt được tách ra cũng bị truy tố ở một vụ án mới.
Theo cáo trạng, lãnh đạo Navibank chuyển tiền cho các nhân viên đứng tên gửi tiền vào các tổ chức tín dụng khác để hưởng lãi suất cao ngoài hợp đồng. Từ ngày 19/11/2010 đến ngày 27/5/2011, Hội đồng tín dụng của Navibank gồm các bị can: Lê Quang Trí, Cao Kim Sơn Cương, Nguyễn Hồng Sơn, Nguyễn Giang Nam, Trần Thanh Bình, Đinh Thị Đoan Trang, Phạm Thị Thu Hiền và Nguyễn Ngọc Oanh đã ký biên bản đồng ý cấp tín dụng cho 14 nhân viên với tổng số tiền hơn 1.543 tỷ đồng để các nhân viên này gửi vào Vietinbank Nhà Bè lấy lãi suất chênh lệch ngoài hợp đồng từ 2,5-8,5%/năm. Tổng số tiền lãi chênh lệch ngoài hợp đồng được Huỳnh Thị Huyền Như trả hơn 24 tỷ đồng, trong đó chuyển đến tài khoản của Huỳnh Vĩnh Phát hơn 15 tỷ đồng; giao bằng tiền mặt cho Đoàn Đăng Luật gần 9,5 tỷ đồng. Luật và Phát đã chuyển lại cho 14 cá nhân đứng tên nộp lại cho Navibank mỗi khi hoàn tất hợp đồng vay tiền với Navibank.
Từ chủ trương, hành vi trái pháp luật của các bị can nêu trên, Huỳnh Thị Huyền Như lợi dụng và đã chiếm đoạt 200 tỷ đồng của Navibank. Tổng số tiền mà Như đã chiếm đoạt qua hai vụ án gần 1.300 tỷ đồng.
