Bộ GD&ĐT khẳng định do trường ĐH Tôn Đức Thắng không còn Ban giám hiệu và Chủ tịch Hội đồng trường nên tập thể lãnh đạo bao gồm Thường vụ Đảng ủy, những người được giao thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn của Hiệu trưởng chủ trì thực hiện quy trình thành lập hội đồng trường nhiệm kỳ kế tiếp.
Tập thể lãnh đạo làm việc theo nguyên tắc tập thể, quyết định theo đa số, trường hợp số người dự họp là số chẵn, có kết quả biểu quyết hoặc bỏ phiếu 50/50 thì quyết định theo ý kiến của bên có người chủ trì.
Đối với đề án thành lập Hội đồng trường, Bộ GD&ĐT cho rằng do quy chế tổ chức và hoạt động của trường chưa được sửa đổi, bổ sung để phù hợp với Luật giáo dục ĐH sửa đổi và Nghị định hướng dẫn Luật của chính phủ, nhiều nội dung chi tiết trong quy trình, thủ tục thành lập hội đồng trường cần phải được thống nhất trong tập thể lãnh đạo và với các thành viên đương nhiên thành một văn bản gọi là Đề án thành lập hội đồng trường.
Đề án bao gồm các nội dung như số lượng, cơ cấu thành viên Hội đồng trường quy định rõ số lượng, cơ cấu cho cả nhiệm kỳ và số lượng, cơ cấu khi thành lập.
Bộ GD&ĐT cũng chỉ rõ, khi thành lập có thể chưa hoàn thiện nên để khuyết một số vị trí nếu chưa có nhân sự phù hợp nhưng phải đảm bảo số lượng thành viên là lẻ và tỷ lệ cơ cấu theo quy định. Thành phần không phải bầu gồm bí thư (để khuyết), hiệu trưởng (để khuyết).
Đoàn công tác của Bộ làm việc với trường cũng khuyến cáo giảm đi số thành phần đại diện ngoài trường 2 người, cùng với 2 vị trí để khuyết. Bên cạnh đó cần cân nhắc số lượng tối thiểu và cân đối cơ cấu để mỗi thành phần đều dư so với tỷ lệ bắt buộc, dự phòng trường hợp không bầu được đủ thi hội đồng trường vẫn đảm bảo số lượng tối thiểu và cơ cấu theo quy định.
Tiêu chuẩn thành viên hội đồng trường và các vị chí chủ chốt (chủ tịch, phó chủ tịch, thư ký) có thể sử dụng các tiểu chuẩn đã đưa ra trong đề án trước đây, hoặc sửa đổi, bổ sung cho phù hợp với điều kiện thực tế; nếu thấy chưa cần thiết có thể chưa cần quy định tiêu chuẩn chủ tịch, phó chủ tịch.
Bộ GD&ĐT cũng hướng dẫn quy trình giới thiệu thành viên bầu, hội nghị bầu thành viên. Đồng thời, hướng dẫn quy trình thành lập hội đồng trường gồm 5 bước cũng như kiện toàn hội đồng trường và các vị trí lãnh đạo chủ chốt.
Ngay sau khi có hướng dẫn của Bộ GD&ĐT, tập thể nhà trường đã có đơn kiến nghị gửi Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam. Theo đó đề nghị Hiệp hội có ý kiến với Chính phủ và Bộ GD&ĐT về hướng dẫn trên của Bộ để có những hướng dẫn và chỉ đạo cụ thể, nhằm bảo đảm việc thực hiện được thuận lợi cũng như đảm bảo tính tập trung dân chủ.
Cụ thể, xem xét lại việc giao cho người thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn của hiệu trưởng chủ trì tập thể lãnh đạo để chỉ đạo thực hiện quy trình thành lập Hội đồng trường. Do người này được Tổng liên đoàn Việt Nam chỉ định mà không có ý kiến tín nhiệm của tập thể, cán bộ chủ chốt và Đảng ủy trường nên việc đại diện cho tập thể trong chịu trách nhiệm chung không đảm bảo tính tập trung dân chủ.
Thứ hai, Thường vụ Đảng ủy của Trường chỉ còn 2 nhân sự mà cả 2 nhân sự này đang trong thời gian bị Đảng ủy khối thi hành kỷ luật cùng với Đảng ủy trường. Vì vậy, kiến nghị việc chốt danh sách nhân dự được giới thiệu để đưa ra Hội nghị bầu thành viên hội đồng trường sẽ phải có ý kiến nhất rí của Đảng ủy.
Thứ ba, nếu làm như hướng dẫn của Bộ sau này Đảng ủy trường sẽ bị kỷ luật lần nữa vì đó là tội cố ý làm trái sau khi đị bị kỷ luật vì đúng lỗi vi phạm này.
Cho đến nay, trường ĐH Tôn Đức Thắng do chưa bầu được hội đồng trường nên từ khi ông Lê Vinh Danh bị đình chỉ và cách chức đến nay, trường này vẫn chưa có hiệu trưởng.
