Thiếu tướng Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Bộ CA Phạm Quý Ngọ và Thiếu tướng Thủ trưởng Cơ quan ANĐT Bộ CA Hoàng Kông Tư là hai Phó trưởng Ban chỉ đạo điều tra vụ án. Ban chỉ đạo gồm 12 thành viên, gồm những cán bộ cốt cán khác của hai cơ quan CSĐT và ANĐT Bộ CA.
Trước đó, Bộ CA đã giao Công an tỉnh Vĩnh Long khởi tố vụ án sập nhịp dẫn cầu Cần Thơ để điều tra. Ban chỉ đạo điều tra vụ án Bộ CA sẽ có nhiệm vụ chỉ đạo các lực lượng nghiệp vụ của Bộ và CA các tỉnh Vĩnh Long, Cần Thơ tiến hành các biện pháp trinh sát, điều tra, thu thập tài liệu, xác định thiệt hại, làm rõ sai phạm của các cá nhân, tổ chức, nhất là của các nhà thầu có liên quan trong việc thực hiện quy trình giám sát, thi công... và đề xuất các biện pháp xử lý; chỉ đạo cơ quan điều tra phối hợp với Viện KSNDTC trong quá trình điều tra, khẩn trương kết thúc vụ án, sớm đưa vụ án ra truy tố, xét xử nghiêm trước pháp luật.