Cụ thể, theo kết luận thanh tra số 762/KL-TTCP do Phó tổng Thanh tra Chính phủ - Đặng Công Huẩn ký ban hành nêu rõ, ngoài những kết quả đạt được, việc thực hiện một số dự án đầu tư giai đoạn 2013-2015 của Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQG Hà Nội) và các đơn vị thành viên, trực thuộc còn nhiều hạn chế, thiếu sót.
Điển hình, ĐHQG Hà Nội thực hiện việc phân bổ, giao dự toán hàng năm cho các đơn vị cấp dưới còn chậm so với quy định; chưa xây dựng mức thu lệ phí dự tuyển vào THPT chuyên của Đại học Quốc gia Hà Nội mà để các trường tự xây dựng theo các đợt tuyển sinh. Bên cạnh đó, ĐHQG Hà Nội giao chủ đầu tư không có chức năng chuyên môn và không có đủ cán bộ có năng lực trực tiếp quản lý dự án là không đúng quy định.
Mặt khác, một số đơn vị chưa thực hiện nộp đầy đủ số tiền từ thu phí, lệ phí vào Kho bạc Nhà nước mà để lại ngân hàng thương mại, trực tiếp thanh toán cho các khoản cho hoạt động của đơn vị như Đại học KHTN, Đại học Ngoại ngữ. Một số trường thu ngoài quy định các khoản thu có tính chất phí, lệ phí như: Đại học Ngoại ngữ là 527 triệu đồng; Đại học Kinh tế 278 triệu đồng; Đại học Khoa học xã hội và nhân văn gần 350 triệu đồng; Đại học Công nghệ gần 200 triệu đồng.
Đối với các khoản thu trái quy định nêu trên, “TTCP xét thấy không có dấu hiệu thất thoát, tham nhũng, các khoản chi được thể hiện qua mua sắm, xây dựng cơ sở vật chất nên không kiến nghị xử lý về kinh tế và yêu cầu Giám đốc ĐHQG Hà Nội chấn chỉnh ngay những sai sót” – kết luận của TTCP nêu.
Đáng chú ý, theo các Điều 5, 68, 72, 73 của Luật NSNN năm 2002 (có hiệu lực thi hành từ năm ngân sách 2004 - giai đoạn thanh tra và thời điểm thanh tra vẫn áp dụng Luật NSNN năm 2002) quy định: Các ngành, các cấp, các đơn vị không được đặt ra các khoản thu, chi trái với quy định của pháp luật; những khoản thu ngân sách nhà nước không đúng quy định của pháp luật phải được hoàn trả cho cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân đã nộp; Tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm pháp luật về ngân sách thì tuỳ theo tính chất, mức độ vi phạm có thể bị xử lý kỷ luật, xử phạt hành chính hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự; nếu gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật….
Tuy nhiên, không hiểu vì sao TTCP lại tự quyết “không kiến nghị xử lý kinh tế”; “yêu cầu chấn chỉnh” mà không kiến nghị xử lý theo quy định của pháp luật đối với các khoản thu ngoài quy định nêu trên.
Kết luận của TTCP cũng cho thấy, đoàn thanh tra mới chỉ thanh tra được 3 gói thầu xây lắp, 8 gói thầu thiết bị thuộc 6 dự án trong tổng số 17 dự án do Ban quản lý các dự án ĐHQG Hà Nội làm chủ đầu tư và kiểm tra 3 gói thầu thuộc các dự án đầu tư xây dựng cơ bản do các trường làm chủ đầu tư.
Theo số liệu tại kết luận, tổng giá trị đầu tư của 17 dự án là hơn 1.300 tỷ đồng, còn tổng giá trị các dự án được thanh tra khoảng 214 tỷ đồng, như vậy giá trị các dự án được thanh tra chỉ đạt gần 17% tổng giá trị các dự án do Ban quản lý các dự án ĐHQG Hà Nội làm chủ đầu tư.
Cũng theo TTCP, đoàn thanh tra đã tiến hành thanh tra tại ban Tổ chức cán bộ, ban Kế hoạch – Tài chính; kiểm tra, xác minh tại 9 đơn vị thành viên, trực thuộc Đại học quốc gia Hà Nội, trong đó có Văn phòng Tây Bắc. Được biết, ĐHQG Hà Nội có thực hiện nhiều dự án tại Chương trình Tây Bắc nhưng kết luận thanh tra cũng không thấy đề cập tới dự án nào tại đây.
Như Tiền Phong đã đưa tin, Văn phòng Chính phủ vừa có thông báo kết luận của Phó Thủ tướng thường trực Trương Hoà Bình về kết luận thanh tra trách nhiệm của Đại học Quốc gia Hà Nội trong việc tự chủ, tự chịu trách nhiệm về bộ máy, quản lý tài chính và thực hiện các dự án giai đoạn 2013 -2015. Trong thông báo truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Trương Hoà Bình nêu rõ “Thanh tra Chính phủ chưa thanh tra đầy đủ phạm vi thanh tra theo quyết định thanh tra và kế hoạch thanh tra, nhất là một số dự án lớn chưa được thanh tra. Thanh tra Chính phủ phải rút kinh nghiệm về việc này và tiếp thu ý kiến của Văn phòng Chính phủ kiểm tra việc thực hiện sau thanh tra”.