Hệ thống ống nước nhà vệ sinh của hai tàu sân bay, được mô phỏng theo hệ thống đường ống được lắp đặt trên máy bay, tắc nghẽn thường xuyên, buộc Hải quân Mỹ phải thường xuyên bảo dưỡng chúng bằng một loại axit có giá 400.000 USD mỗi lần sử dụng.
Vấn đề, được Bloomberg thông tin đầu tiên, được đề cập trong một báo cáo của về chi phí duy trì cho các tàu hải quân Mỹ. Báo cáo nói rằng Hải quân Mỹ đã sử dụng một hệ thống nhà vệ sinh và nước thải hoàn toàn mới cho USS George H.W. Bush và USS Gerald R. Ford. Hệ thống này tương tự như trên máy bay thương mại, nhưng tăng quy mô bởi chúng phải phục vụ phi hành đoàn và thủy thủ đoàn hơn 4.000 người.
Để giải quyết tình trạng tắc nghẽn bất ngờ và thường xuyên của hệ thống, Hải quân Mỹ đã xác định rằng cần phải xả axit vào hệ thống nước thải của tàu một cách thường xuyên, đây là hành động bảo trì không có kế hoạch trong toàn bộ thời gian phục vụ của tàu.
Mỗi lần xả axit có giá 400.000 USD, tức là khoảng 10 tỷ đồng. Hải quân Mỹ không thể dự đoán mức độ thường xuyên của thủ tục đắt đỏ này, khiến cho việc dự đoán mức độ thường xuyên cần lặp lại quy trình trong vòng đời 50 năm của mỗi tàu sân bay là rất khó.
Vấn đề tắc nghẽn hệ thống nhà vệ sinh mới đã được biết đến trước khi tàu USS Ford hoàn thành xây dựng. Vào năm 2011, tờ Navy Times đã báo cáo về các vấn đề nhà vệ sinh của tàu USS Bush, còn tàu đầu tiên có hệ thống nhà vệ sinh hút chân không, rằng trong quá trình triển khai lần đầu tiên của con tàu vào năm 2009, đã có 25 cuộc gọi mỗi tuần chỉ để sửa chữa toilet. Nhiều lúc các thủy thủ đã phải đi tiểu vào chai đổ xuống biển và gặp vấn đề về sức khỏe.
Đáp lại, Hải quân Mỹ tuyên bố tàu USS Bush có 94% nhà vệ sinh vẫn hoạt động và hầu hết các vấn đề đã được khắc phục trong vài phút. Hải quân Mỹ đổ lỗi cho các thủy thủ xả các vật liệu không phù hợp vào các nhà vệ sinh, bao gồm các sản phẩm vệ sinh phụ nữ, thực phẩm và quần áo. Nhưng Hải quân Mỹ cũng thừa nhận rằng hệ thống này khác với hệ thống cũ ở chỗ mất điện trong một nhà vệ sinh ảnh hưởng đến nhiều nhà nhà vệ sinh khác.
