Trong phần tranh luận, đại diện VKS và các luật sư giữ nguyên quan điểm ở phần tranh luận trước đó và không bổ sung gì thêm. Tuy nhiên, bị cáo Trương Huy Liệu tiếp tục muốn tranh luận với VKS về căn cứ buộc tội và khởi tố vụ án. Theo bị cáo Liệu, nếu bị cáo có hành vi khai sai về số lượng, trọng lượng, chủng loại, tên hàng... thì sẽ bị xử phạt theo Nghị định 97/2007/NĐ-CP (được sửa đổi bổ sung bằng Nghị định 18/2009/NĐ-CP) xử phạt mức tiền từ 15 triệu đến 20 triệu đồng và tịch thu hàng hóa vi phạm. Theo đại diện VKS, cơ sở để VKS yêu cầu truy tố vụ án là do hồ sơ không đúng bản chất, không quan tâm đến mặt hàng. Theo đó, hồ sơ vụ án thể hiện, toàn bộ hồ sơ nhập khẩu lô gỗ là do bị cáo Liệu và Cty Ngọc Hưng làm ra.
Tranh luận lại với VKS, bị cáo Liệu cho biết, Cty Ngọc Hưng bị khởi tố vì xuất khẩu gỗ không có nguồn gốc hợp pháp. “Nếu hồ sơ xuất khẩu có sai phạm, bị cáo xin đi tù ngay. Nếu nói lô gỗ có nguồn gốc bất hợp pháp thì lô hàng trong tờ khai nhập khẩu 1505 đi đâu? Cơ quan điều tra chỉ có thể khởi tố hình sự bị cáo khi chứng minh được trong lô gỗ đó có trên 7m3 gỗ tự nhiên từ rừng Việt Nam (nhóm IIA). Nếu không chứng minh được thì tha cho bị cáo. Lô gỗ có nguồn gốc từ Lào, nếu có sai phạm, bị cáo cũng sẽ chỉ bị xử phạt hành chính, không thể khởi tố hình sự bị cáo vì vi phạm hành chính được”, bị cáo Liệu cho biết.
Bị cáo Liệu cũng nêu thắc mắc tại sao Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C46 - Bộ Công an) đã 2 lần có văn bản khẳng định Công ty Ngọc Hưng chỉ vi phạm hành chính, mà Cục Điều tra chống buôn lậu (Hải quan) và Cơ quan cảnh sát điều tra (C44 cũng của Bộ Công an) lại khởi tố hình sự?
Trả lời vấn đề này, đại diện VKS cho rằng: “Sau khi có kết quả của đoàn liên ngành và kết quả tương trợ tư pháp từ hải quan Lào, cho thấy không có việc xuất khẩu lô gỗ từ Lào, Cục điều tra chống buôn lậu mới ra quyết định khởi tố vụ án. Hai công văn của C46 chỉ thể hiện qua điểm của riêng C46, dù vụ án này không có cơ quan điều tra nào của Bộ Công an khởi tố nhưng nếu Cơ quan điều tra VKSNDTC nhận thấy có dấu hiệu sai phạm cũng có quyền khởi tố vụ án”.
Tuy nhiên, bị cáo Liệu cho rằng, nếu từ đầu cơ quan điều tra của VKS thực hiện quyền công tố, có lẽ vụ án này đã không bị khởi tố hình sự và kéo dài đằng đẵng 8 năm bởi “không có luật nào vào thời điểm đó quy định xử lý hình sự đối với doanh nghiệp buôn bán gỗ có xuất xứ từ nước ngoài”.
Làm rõ các biên bản khám xét hải quan
Trở lại phần xét hỏi, HĐXX yêu cầu đại diện Cục điều tra chống buôn lậu làm rõ những vấn đề về các biên bản khám xét lô gỗ. Theo đó, 2 biên bản khám xét ngày 13/1/2012 và 14/3/2012 có kết luận không trùng khớp về chủng loại gỗ trong container số hiệu GESU 6243717. Biên bản ngày 13/1/2012 chỉ thể hiện có gỗ trắc, nhưng sau đó đến biên bản ngày 14/3/2012 lại ghi “có 1 số gỗ nghi không phải là gỗ trắc”, HĐXX yêu cầu đại diện Cục điều tra chống buôn lậu (Tổng cục Hải Quan) làm rõ vấn đề này.
Đại diện Cục điều tra chống buôn lậu cho rằng, vì trong lần kiểm tra thứ 2 có phát hiện những thanh gỗ có màu sắc khác nhau nên mới tiến hành lấy mẫu để kiểm tra và phát hiện gỗ giáng hương. Theo vị này, trong biên bản ngày 14/3/2012 không chỉ rõ số gỗ nghi không phải gỗ trắc nằm cụ thể ở container nào vì biên bản này là kết quả khám xét 3 container chứ không phải chỉ 1 container GESU 6243717.
Ngoài ra, vì trong biên bản thu giữ ghi rằng “khám xét phát hiện 1 số tang vật vi phạm hành chính”, HĐXX yêu cầu đại diện Cục làm rõ những vi phạm này là vi phạm gì, vì sao lại yêu cầu phạt. Đại diện Cục điều tra chống buôn lậu cho biết vì phát hiện 1 số gỗ không có trong tờ khai hải quan và lý lịch gỗ nên mới ghi như vậy. Tuy nhiên, khi HĐXX hỏi vì sao lại không ghi rõ thì vị này ấp úng.
Yêu cầu bị cáo nộp bổ sung các hợp đồng kinh tế Về việc bị cáo Trương Huy Liệu vẫn chưa nộp bản gốc 4 hợp đồng kinh tế của Công ty Ngọc Hưng với Nhà máy chế biến gỗ nội thất Lào theo yêu cầu của HÐXX, bị cáo Liệu cho biết các hợp đồng này đều do kế toán cất giữ nhưng vì kế toán này mang con về quê chồng nên bị cáo không thể lấy để nộp. Bị cáo đề nghị HÐXX xem xét kết luận giám định mẫu con dấu và chữ ký của Công ty 407, Tâm Tâm với Công ty Ngọc Hưng. Tuy nhiên, Thẩm phán Phạm Việt Cường, chủ tọa phiên tòa cho rằng, hồ sơ vụ án có 3 kết luận giám định con dấu và chữ ký với kết quả khác nhau, mỗi bên lại đề nghị dùng một kết luận, bởi vậy, tòa yêu cầu bị cáo nộp lại những hồ sơ này để HÐXX xem xét và tiến hành giám định lại nếu cần.