Thiên tai hạn và mặn đang đe dọa nghiêm trọng vựa thủy sản của cả nước. Số liệu của Bộ NN&PTNT, tỉnh có diện tích nuôi tôm lớn nhất nước là Cà Mau đã thiệt hại trên 70% diện tích nuôi thủy sản, kế đến Trà Vinh và Bến Tre thiệt hại 30-70%.
Hiện các địa phương đã triển khai nhiều giải pháp để giữ sản lượng thủy sản nuôi trồng. Song lại có hai vấn nạn rất khó vượt qua trong ngắn hạn: giá thành cao và kháng sinh.
Theo VASEP, giá thành tôm nước ta đang cao hơn các nước đối thủ cạnh tranh từ 1-2 USD/kg. Nguyên do, giá thành tôm giống cao gấp 2 lần Ấn Độ, thức ăn cho tôm cao hơn 40%; trong lúc tỷ lệ nuôi thành công chỉ chiếm khoảng 35%, còn Ấn Độ và Indonesia đến 70%. Tình hình nhiễm kháng sinh nghiêm trọng với tất cả các loại thủy sản, kể cả cá rô, lóc, lươn.
Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và Thủy sản (Nafiqad) cho biết, quý 1/2016, cả nước có 32 lô hàng thủy sản bị trả về, chủ yếu nhiễm kháng sinh (do nuôi trồng) và vi sinh (do bảo quản, chế biến). Có 12 doanh nghiệp bị cảnh báo sản phẩm không an toàn vệ sinh thực phẩm nhưng chưa báo cáo nghiêm túc theo thông lệ quốc tế, gây thêm nguy cơ cho thủy sản Việt Nam.
