Trong báo cáo gửi đến Kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa XIV, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) chỉ ra những bất cập khi các bộ, ngành và địa phương sử dụng ngân sách. Cụ thể, công tác xây dựng dự toán cho một số đơn vị chưa sát với thực tế, không bám sát nhiệm vụ chi, dẫn đến cuối năm phải hủy dự toán hoặc không phân bổ, giữ lại ngân sách cấp trên làm giảm hiệu quả sử dụng ngân sách.
Phân bổ kế hoạch vốn cho một số dự án chưa đầy đủ thủ tục đầu tư tại Đà Nẵng, Hải Dương, Bến Tre, Lạng Sơn, Ninh Bình, Gia Lai và không nằm trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020.
Hàng loạt địa phương phân bổ vượt tổng mức đầu tư như tỉnh Cao Bằng có 17 dự án, vượt tổng kế hoạch vốn đầu tư công trung hạn ở Đà Nẵng 195 danh mục dự án, tỉnh Bến Tre 4 dự án.
Tình trạng phân bổ kế hoạch vốn chưa đảm bảo thứ tự ưu tiên, bố trí vốn chưa phù hợp với thực tế dẫn đến trong quá trình triển khai thực hiện phải điều chỉnh, bổ sung còn xảy ra tại hầu hết các địa phương được kiểm toán. Đến 31/12/2019, tại một số địa phương còn nợ đọng xây dựng cơ bản với giá trị lớn, điển hình tỉnh Ninh Bình 6.338 tỷ đồng, Bắc Ninh 1.805 tỷ đồng, Lạng Sơn 1.702 tỷ đồng, Phú Thọ 1.075 tỷ đồng...
Nhiều địa phương vẫn còn tình trạng để phát sinh nợ đọng xây dựng cơ bản mới 1.922,3 tỷ đồng. Cụ thể, tỉnh Bắc Ninh 670,9 tỷ đồng; Hà Tĩnh 300,3 tỷ đồng; Hải Dương 500,1 tỷ đồng; Phú Thọ 260,6 tỷ đồng...
Có 9 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương chưa báo cáo đầy đủ nợ đọng thuế, số nợ thuế qua kiểm toán phát hiện tăng thêm 1.923 tỷ đồng, như Đà Nẵng 1.378 tỷ đồng; Bắc Ninh 373 tỷ đồng; Lạng Sơn 93 tỷ đồng; Hà Tĩnh 38 tỷ đồng; Lâm Đồng 35 tỷ đồng…
Ngoài ra, KTNN còn chỉ ra, 2 địa phương ứng trước dự toán ngân sách trung ương nhưng chưa bố trí để thu hồi 1.785,7 tỷ đồng, 9 địa phương sử dụng sai nguồn 366 tỷ đồng, một số đơn vị tại 7/18 địa phương chưa trích lập đủ nguồn cải cách tiền lương theo quy định 2.145,7 tỷ đồng, 6 địa phương sử dụng sai quy định 179,2 tỷ đồng, kinh phí ngân sách trung ương bổ sung có mục tiêu và các chương trình mục tiêu quốc gia tại 10/18 địa phương còn tồn chưa hoàn trả ngân sách trung ương 722,9 tỷ đồng...