Theo dự thảo, Quỹ BHYT thanh toán chi phí thuốc theo số lượng thực tế sử dụng cho người bệnh và giá mua vào của cơ sở khám chữa bệnh theo quy định của pháp luật về đấu thầu mua thuốc, phù hợp với phạm vi quyền lợi và mức hưởng theo quy định của Luật BHYT và các văn bản hướng dẫn thực hiện.
Quỹ BHYT thanh toán trong trường hợp chỉ định thuốc phù hợp với chỉ định trong hồ sơ đăng ký thuốc đã được cấp phép hoặc hướng dẫn chẩn đoán và điều trị của Bộ Y tế. Trường hợp không có chỉ định trong hồ sơ đăng ký thuốc đã được cấp phép, không có trong hướng dẫn chẩn đoán điều trị của Bộ Y tế nhưng cần thiết trong điều trị và không có thuốc thay thế, Bộ Y tế sẽ lập Hội đồng để xem xét cụ thể từng trường hợp.
Cũng theo dự thảo, Quỹ BHYT không thanh toán đối với các trường hợp: Chi phí các thuốc đã được kết cấu vào giá của dịch vụ kỹ thuật, khám bệnh, ngày giường điều trị (ví dụ: các thuốc gây tê, gây mê, dịch truyền sử dụng trong phẫu thuật, thủ thuật hay thuốc cản quang dùng trong chẩn đoán hình ảnh, các thuốc tẩy trùng và sát khuẩn) hoặc giá thu trọn gói theo ca bệnh theo quy định hiện hành; Phần chi phí của các thuốc có trong danh mục đã được ngân sách nhà nước hoặc các nguồn khác chi trả; Thuốc có trong danh mục sử dụng trong thử nghiệm lâm sàng, nghiên cứu khoa học; Các thuốc, lô thuốc đã có quyết định đình chỉ lưu hành và thu hồi của cơ quan có thẩm quyền.
