Tháng 1/2017, HLV Luis Milla đồng ý ký hợp đồng với LĐBĐ Indonesia và tạo ra một cú sốc thực sự. Ông trở thành một trong những nhà cầm quân có tiếng tăm nhất quyết định tới Đông Nam Á làm việc. Trong quá khứ, HLV Luis Milla từn dẫn dắt U19, U20, U21 rồi U23 Tây Ban Nha và cả CLB Real Zaragoza. Theo tiết lộ, để có sự phục vụ của nhà cầm quân 52 tuổi này, LĐBĐ Indonesia đã phải đồng ý trả mức lương 1 triệu USD/năm, cao nhất trong khu vực.
Người Indonesia kỳ vọng, HLV Luis Milla có thể giúp Olympic Indonesia giành HCV tại ASIAD 18 tổ chức trên sân nhà và xa hơn là đưa đội Olympic nước này tới với Olympic Tokyo 2020. Tuy vậy, mọi thứ đã diễn ra không thuận lợi. Olympic Indonesia dưới bàn tay của HLV Luis Milla đã phải sớm dừng bước ở môn bóng đá nam ASIAD 18.
Cụ thể, sau khi kết thúc vòng bảng với vị trí số 1 bảng A, Olympic Indonesia đã để thua Olympic UAE ở vòng 1/8 khi hai đội phải giải quyết bằng loạt “đấu súng” 11m. Không nói thì cũng biết, Luis Milla đã tỏ ra vô cùng thất vọng. Ông lên tiếng nhận trách nhiệm về mình, đồng thời gửi lời xin lỗi tới các CĐV bóng đá Indonesia. Trong một động thái mới nhất, HLV Luis Milla còn bày tỏ nguyện vọng được từ chức.
“Indonesia vẫn có nhiều triển vọng trong tương lai khi có nhiều tài năng trẻ sáng giá ở các lứa tuổi. Trong khoảng 1 năm qua, chất lượng của các cầu thủ Indonesia đã được cải thiện và tiệm cận với trình độ châu Á.Tuy nhiên, đây là thời điểm thích hợp để tôi nói lời chia tay với đội bóng. Nỗi buồn thất bại này là quá lớn. Tôi muốn trở về Tây Ban Nha”, HLV Luis Milla cho hay.