Chấn thương đầu gối phải đã khiến Tuấn Anh lỡ cơ hội cùng đội tuyển Việt Nam dự AFF Cup 2016. Anh sau đó cũng kết thúc 1 năm hợp đồng với FC Yokohama, trở về thi đấu cho HA.GL.
Bầu Đức đã quyết định từ chối đề nghị gia hạn của đội bóng Nhật Bản với Tuấn Anh do muốn HA.GL được tăng cường thêm sức mạnh cho V.League 2017. Tuy nhiên do chấn thương, cả hai trận đấu vừa qua ở của HA.GL ở V.League, Tuấn Anh đều không ra sân.
Anh cũng chưa tập luyện trở lại được cùng các đồng đội. Thay vào đấy, Tuấn Anh hàng ngày đều tập riêng trong phòng gym của CLB, vốn được trang bị các trang thiết bị rất hiện đại.
Trước đó, CLB HA.GL đã cho Tuấn Anh sang Singapore để khám thương, nhằm xác định kế hoạch điều trị. Theo kế hoạch, ngày 19/1 tới, tiền vệ quê Thái Bình sẽ tiếp tục sang Singapore để khám lại.
"Sau khi có kết quả kiểm tra chấn thương ngày 19/1 tới mới có thể xác định được khi nào Tuấn Anh có thể thi đấu trở lại. Hiện, Tuấn Anh cũng đang rất khao khát được thi đấu, vì nghỉ cũng đã lâu"-Trưởng đoàn bóng đá HA.GL Nguyễn Tấn Anh cho biết.
Qua 2 trận đấu ở V.League, HA.GL chưa giành được điểm nào. Đội bóng phố Núi hiện rất chờ đợi sự trở lại của Tuấn Anh để tăng thêm sức mạnh tấn công.