Đầu năm 2018, Filip Nguyễn gia nhập CLB Slovan Liberec từ Vlasim với bản hợp đồng kéo dài đến năm 2021, cùng mức giá 250 nghìn euro. Thời điểm đó, thủ môn Việt kiều chỉ đóng vai trò thủ thành số ba tại đội bóng của CH Czech.
Tuy nhiên, Filip Nguyễn đã dần chứng tỏ được khả năng của bản thân và trở thành lựa chọn số một trong khung gỗ của Slovan Liberec. Mùa giải 2018/2019, Filip Nguyễn chỉ để thủng lưới có 22 bàn trong 28 lần ra sân, thành tích rất đáng tự hào với một thủ môn.
Phong độ chói sáng của Philip Nguyễn giúp CLB Slovan Liberec lọt vào tốp 6 đội bóng mạnh nhất giải VĐQG Cộng hòa Czech 2018/2019. Cá nhân anh cũng được bình chọn là thủ thành xuất sắc nhất mùa giải vừa qua.
Với màn trình diễn ấn tượng đó, trang Transfer Markt định giá Filip Nguyễn lên tới 950.000 euro, gần gấp 4 lần so với mức 250 nghìn euro lúc anh mới gia nhập Slovan Liberec và gấp 3 lần so với thủ môn Đặng Văn Lâm (300.000 euro).
Hiện tại, Filip Nguyễn là cầu thủ đắt giá thứ 2 của Slovan Liberec, sau đồng đội Oscar Dorley (1 triệu euro). Tính ở giải VĐQG CH Czech, thủ môn 26 tuổi là cầu thủ đắt giá thứ 4.
Cách đây hơn 1 tháng, Filip Nguyễn đã có mặt ở Việt Nam và bày tỏ mong muốn khoác áo đội tuyển Việt Nam. Nếu có sự phục vụ của Filip Nguyễn, HLV Park Hang Seo sẽ có thêm sự lựa chọn trong khung gỗ, để thực hiện các mục tiêu quan trọng vào cuối năm.