Theo ATP, nguy cơ cá thể rùa Hoàn Kiếm ở Xuân Khanh có thể bị bắt, buôn bán, và vận chuyển trái phép đang gia tăng. Cụ thể, từ ngày 17 tháng 9 tới ngày 04 tháng 10 năm 2018, đội đánh cá thuộc Công ty TNHH xí nghiệp Thủy sản Suối Hai (đơn vị thầu khai thác thủy sản tại hồ Xuân Khanh) đã tiến hành đánh bắt cá trên hồ Xuân Khanh và tiếp tục sử dụng phương thức “đánh chuồng” có nguy cơ gây hại, bắt rùa Hoàn Kiếm. Mới đây, đội đánh cá lại tiếp tục sử dụng phương thức đánh bắt này và tiếp tục triển khai hoạt động đánh bắt cá trên hồ.
Theo ATP, với diện tích nhỏ, sản lượng cá đánh bắt được thấp, tần suất đánh bắt cao, các hoạt động khai thác thủy sản đã và đang triển khai trên hồ Xuân Khanh sẽ có tác động tới môi trường sống và sức khỏe của cá thể rùa Hoàn Kiếm đang sống trong hồ. Ngoài ra, hoạt động xả thải trái phép xuống hồ Xuân Khanh (vừa bị cơ quan chức năng bắt quả tang) cũng gây tác động xấu đến môi trường sống của cá thể rùa Hoàn Kiếm mới phát hiện. Vì vậy, ATP kiến nghị UBND thành phố Hà Nội, Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Hà Nội có các biện pháp kịp thời để giải quyết các vấn đề nêu trên nhằm bảo vệ môi trường sống và cá thể rùa Hoàn Kiếm ở hồ Xuân Khanh.
Tổ chức này cũng kiến nghị UBND thành phố Hà Nội sớm có biện pháp di chuyển cá thể rùa này về môi trường sống mới sạch và ít bị tác động hơn. Trước mắt, nên đưa rùa về hồ Đồng Mô, nơi được ATP khảo sát và lựa chọn cho việc xây dựng cơ sở bảo tồn loài. Tại đây, công tác chăm sóc cứu hộ sẽ được tiến hành trong điều kiện môi trường được kiểm soát và hai cá thể rùa Hoàn Kiếm ở Việt Nam có thể ghép đôi sinh sản nếu giới tính của chúng được xác nhận.
Rùa Hoàn Kiếm nằm trong phụ lục I của Nghị định 160 năm 2013 của Chính phủ về tiêu chí xác định loài và chế độ quản lý loài thuộc Danh mục loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ. Theo đó, mọi hành vi vi phạm liên quan tới rùa Hoàn Kiếm như săn bắt, mua bán, vận chuyển trái phép (ngoại trừ hành vi quảng cáo và một số vi phạm về trình tự thủ tục) sẽ bị truy cứu trách nhiệm hình sự, bất kể khối lượng, số lượng hay giá trị tang vật theo điều 244 Bộ luật Hình sự 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.
