Tại kết luận điều tra bổ sung, CQĐT đã làm rõ yêu cầu điều tra bổ sung trước đó là xác định thiệt hại của SADECO là 1.103 tỷ đồng. Trong đó UBND TP.HCM thiệt hại 485 tỷ đồng, vốn Thành ủy TP.HCM là 184 tỷ đồng, phần còn lại là thiệt hại của các cổ đông.
Trước đó, Cơ quan CSĐT Công an TPHCM đã ban hành kết luận điều tra, chuyển Viện KSND TPHCM đề nghị truy tố vụ sai phạm xảy ra tại Cty TNHH MTV Phát triển Tân Thuận (IPC), Cty SADECO và các đơn vị liên quan.
Trong đó xác định, ông Tất Thành Cang biết rõ việc phát hành cổ phần phải thực hiện đấu giá, thẩm định giá theo Điều 38 Nghị định 91/2015 của Chính phủ, nhưng không chỉ đạo Văn phòng Thành ủy, Người đại diện vốn có ý kiến về việc đấu giá, thẩm định giá theo quy định. Hành vi của ông Tất Thành Cang theo Cơ quan điều tra là đã đủ yếu tố cấu thành tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí”.
Kết luận điều tra cũng nêu, hậu quả vụ án là 940 tỷ đồng trong việc phát hành 9.000.000 cổ phần đã được khắc phục. Trong thời gian bị thanh tra, ngày 14/8/2018, Cty SADECO họp Đại hội cổ đông thống nhất giao HĐQT đàm phán với Cty Nguyễn Kim để hủy hợp đồng hợp tác đầu tư.
Ngày 17/10/2019, Cty SADECO ký thỏa thuận chấm dứt hợp đồng với đối tác với Cty Nguyễn Kim, theo đó Cty Nguyễn Kim hoàn trả lại cho Cty SADECO 9.000.000 cổ phần và nhận lại 360 tỷ đồng. Việc khắc phục hậu quả này là tình tiết giảm nhẹ cho các bị can nhưng không loại trừ trách nhiệm hình sự vì hành vi phạm tội của ông Tất Thành Cang và các bị can đã hoàn thành.
Tuy nhiên, Viện KSND TPHCM đã hoàn trả hồ sơ đề nghị xác định giá trị cổ phần của Cty SADECO tại thời điểm bán 9 triệu cổ phần cho Nguyễn Kim để xác định chính xác tài sản nhà nước bị thất thoát; Xác định có hay không tài sản nhà nước bị thất thoát trong khoảng thời gian từ lúc SADECO chuyển nhượng 9 triệu cổ phần cho Nguyễn Kim.
Nhận lại hồ sơ qua điều tra, Cơ quan CSĐT đã trưng cầu Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự TPHCM và có kết luận, thời điểm tháng 1/2017, giá trị tài sản của SADECO là 3.245 tỷ đồng, giá trị các khoản nợ phải trả là 481 tỷ đồng, giá trị 1 cổ phần là 162.571 đồng.
Cơ quan điều tra cũng lấy giá trị thấp nhất bằng 0 đồng để tính giá trị tài sản vô hình của SADECO nhằm áp dụng nguyên tắc có lợi cho bị can. KLĐT bổ sung xác định thiệt hại của SADECO là 1.103 tỷ đồng. Trong đó UBND TP.HCM thiệt hại 485 tỷ đồng, vốn Thành ủy TP.HCM là 184 tỷ đồng, phần còn lại là thiệt hại của các cổ đông.
Cơ quan điều tra cũng đề nghị Viện kiểm sát truy tố các bị can về các tội danh nêu trên: Tề Trí Dũng (cựu Tổng giám đốc IPC, Chủ tịch SADECO); Hồ Thị Thanh Phúc (cựu Tổng giám đốc SADECO); Đỗ Công Hiệp (cựu Kế toán trưởng SADECO); Trần Công Thiện (cựu Tổng giám đốc Cty TNHH MTV ĐT XD Tân Thuận); Huỳnh Phước Long (cựu Thành viên HĐQT SADECO); Lương Trí Cường (cựu nhân viên IPC); Đoàn Thị Minh Trang (cựu chuyên viên IPC); Phùng Đức Trí (cựu Phó Tổng giám đốc IPC); Lê Hoàng Minh (cựu Chủ tịch IPC); Phạm Xuân Trung (cựu chuyên viên IPC); Vũ Xuân Đức (cựu chuyên viên IPC); Nguyễn Trường Bảo Khanh (cựu thành viên Cty IPC); Trần Mạnh Khôi (cựu Trưởng Ban kiểm soát SADECO); Đoàn Minh Lý (cựu Thành viên Ban kiểm soát SADECO); Lâm Văn Tuấn (cựu Thành viên Ban kiểm soát SADECO); Trần Đăng Linh (cựu cựu Phó Tổng giám đốc IPC); Nguyễn Hữu Thành (cựu Thành viên SADECO); Nguyễn Văn Thông (cựu Phó Chánh Văn phòng Thành ủy TPHCM) ...